シャジクモ藻綱全目ゲノム解読にもとづく陸上植物への進化解明

2015 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 15H04413
• Research Institution: Kanazawa University
• Principal Investigator: 西山 智明 金沢大学, 学際科学実験センター, 助教 (50390688)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 土金 勇樹 日本女子大学, 理学部, 助教 (20434152)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: ゲノム / メソスティグマ

Outline of Annual Research Achievements

陸上植物への進化の過程であったゲノムレベルの変化を明らかにするため、陸上植物につらなる系統ストレプトファイツ類で陸上植物の系統から分かれた各系統を順にどの遺伝子を持っているかを解析出来るように、シャジクモ藻綱の各目のゲノム情報を解読することを目的とする。

２７年度はストレプトファイツ類進化の最初期に陸上植物の系統と分岐したと考えられるメソスティグマ目のMesostigma virideを中心に解析を進めた。Illumina HiSEQで塩基配列決定を行ったペアエンドおよびメイトペアのデータをAllpaths-LG でアセンブルし、全scaffold長195Mb, N50 scaffold size 81kbを得たが、Contig N50 sizeが4.4 kbにとどまり、また、CEGMAによる超保存的な遺伝子の検出でも、Complete 44%, Partial 72%にとどまった。このため、より長い500bp程度のインサート長を持つペアエンドライブラリーをPCR freeプロトコールで作成し、MiSEQで両端から300塩基解読して加える事とし現在解読中である。

クロロキブス類について培養法を検討し、寒天表層で培養出来る事を確認した。液体培養は今のところ成功していない。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

メソスティグマについてほぼ一通りのデータを取得出来ているので、２８年度に有効な概要ゲノム配列が得られると期待される。

Strategy for Future Research Activity

メソスティグマについて新たなMiSEQ配列を加えてのアセンブリー解析を行う。行った結果十分な連続性が得られていればアノテーションを進め公表する。MiSEQだけでは不十分だった場合は、より多くのDNAを集めてからPacBioにてシーケンシングを行う。

コレオケーテ目およびホシミドロ目について候補株を取得、比較し、ゲノム解読に進める株を選定する。