2017 Fiscal Year Annual Research Report
Identification of human genetic factors associated with tuberculosis and associated diseases through the meta-analysis and new statistical approaches
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15H05271
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
徳永 勝士 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 教授 (40163977)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
莚田 泰誠 国立研究開発法人理化学研究所, その他, 研究員 (40392146)
野内 英樹 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 客員研究員 (60437845)
大前 陽輔 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 特任助教 (70722552)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | ゲノム / 感染症 / 結核 / 遺伝子 / 遺伝統計 / 医療・福祉 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、ゲノム情報を用いて結核症の感受性遺伝子を探索するとともに、それを診断および治療に繋げることである。
東京大学の研究チームは、理化学研究所、結核予防会、タイ保健省医科学局、インドネシア・ヤルシ大学等のアジアの研究チームと共同研究ネットワークを形成している。本研究計画では、多因子疾患の感受性遺伝子探索の為の新たな統計解析法を開発するとともに、国際結核人類遺伝コンソーシアム(International Tuberculosis Human Genetics Consortium: ITHGC)のゲノムデータを活用して集団間の違いを考慮した結核症の遺伝要因の解明を目指す。
平成29年度は、新たな統計解析法開発として、ゲノム上で離れた複数遺伝子によるハプロタイプが自己免疫疾患に関連する報告に注目し、１Mb以上離れた複数遺伝子が関与するハプロタイプを集団毎に網羅的に解析する手法を開発した。人類遺伝学分野で保有するゲノムワイド関連解析（GWAS）データを活用して解析した結果、6番染色体のHLA領域を含め様々な染色体部位にハプロタイプが検出され、その頻度は集団特異的であった。そして、原発性胆汁性胆管炎（Primary biliary cholangitis：PBC）のGWASデータから、PBCと関連する2つのハプロタイプを同定した。本成果を日本人類遺伝学会で発表し論文化を進めている。また、11月にITHGCの会議を東京で行い、一塩基多型(SNP: Single Nucleotide Polymorphism)毎の国際メタ解析から新しい結核症感受性遺伝子領域を同定した成果について論文化を進めている。並行して、抗結核薬による肝障害に関して、我々自身が収集した日本人・タイ人・インドネシア人各集団のサンプルにおけるGWASならびに国際メタ解析を実施し、その成果の論文化を進めている。
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| Research Progress Status |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(17 results)
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[Journal Article] Pathogen lineage-based genome-wide association study identified CD53 as susceptible locus in tuberculosis2017
Author(s)
Omae Y, Toyo-Oka L, Yanai H, Nedsuwan S, Wattanapokayakit S, Satproedprai N, Smittipat N, Palittapongarnpim P, Sawanpanyalert P, Inunchot W, Pasomsub E, Wichukchinda N, Mushiroda T, Kubo M, Tokunaga K, Mahasirimongkol S
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Journal Title
Journal of Human Genetics
Volume: 62
Pages: 1015-1022
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Strain-based HLA association analysis identified HLA-DRB1*09:01 associated with modern strain tuberculosis2017
Author(s)
Toyo-Oka L, Mahasirimongkol S, Yanai H, Mushiroda T, Wattanapokayakit S, Wichukchinda N, Yamada N, Smittipat N, Juthayothin T, Palittapongarnpim P, Nedsuwan S, Kantipong P, Takahashi A, Kubo M, Sawanpanyalert P, Tokunaga K
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Journal Title
HLA
Volume: 90
Pages: 149-156
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Genome-Wide Association and Replication Study of Hepatotoxicity Induced by Antiretrovirals Alone or with Concomitant Anti-Tuberculosis Drugs2017
Author(s)
Petros Z, Lee MT, Takahashi A, Zhang Y, Yimer G, Habtewold A, Schuppe-Koistinen I, Mushiroda T, Makonnen E, Kubo M, Aklillu E
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Journal Title
OMICS
Volume: 21
Pages: 207-216
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Presentation] Meta-analysis of NAT2 Genotypes and the Risk for Anti-tuberculosis Induced Liver Injury (ATDILI)2017
Author(s)
Suvichapanich S, Zarah H, Mushiroda T, Mahasirimongkol S, Toyo-oka L, Chaikledkaew U, Jittikoon J, Yuliwulandari R, Yanai H, Wattanapokayakit S, Tokunaga K
Organizer
The 15th International Congress of Therapeutic Drug Monitoring & Clinical Toxicology 2017 (IATDMCT 2017)
Int'l Joint Research
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[Presentation] The association between the ratio of monocytes to lymphocytes and incidence of tuberculosis among antiretroviral treatment-naive HIV-infected adults in Lampang, northern Thailand2017
Author(s)
Tsuchiya N, Wichukchinda N, Mahasirimongkol S, Rojanawiwat A, Naranbhai V, Yanai H, Tokunaga K, Ariyoshi K, Pathipvanich P, Sawanpanyalert P
Organizer
The 21st International Epidemiological Association (IEA) World Congress of Epidemiology (WCE2017)
Int'l Joint Research
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[Presentation] Monocyte/Lymphocyte Ratio predict the risk of Tuberculosis among HIV-infected population in Mae Chan, Thailand2017
Author(s)
Miyahara R, Piyaworawong S, Tsuchiya N, Prechamat P, Kriengwatanapong P, Wongyai J, Bupachat S, Yamada N, Summanapan S, Mahasirimongko S, Yanai H
Organizer
The 21st International Epidemiological Association (IEA) World Congress of Epidemiology (WCE2017)
Int'l Joint Research
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