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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Artificial photosynthesis system constructed on DNA nanoreactor

Research Project

Project/Area Number 15H05492
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

中田 栄司  京都大学, エネルギー理工学研究所, 准教授 (70467827)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
KeywordsDNAナノ構造体 / DNAナノリアクター / 多段階物質変換反応 / 人工光合成システム / 共有結合型アダプター / モジュール型アダプター
Outline of Annual Research Achievements

酵素や人工分子で構築される複数の反応点を一分子レベルで厳密に制御して配置した反応場「ナノリアクター」をDNAを足場として構築し、複数の反応点が連携する多段階物質変換反応を高効率化するためのDNAナノリアクターの設計原理を見出す。そのために、複数の反応点を一分子レベルで厳密に制御して配置し、その配置が反応効率に及ぼす影響を系統的に評価する。距離や配向・分子数などのパラメータの多段階物質変換反応への影響を評価し、高効率な多段階物質変換反応を試験管内で進行させるための設計原理を確立することを目的としている。
これまでに、二段階酵素反応や三段階酵素反応についてその空間距離が反応効率にどのように影響するのかを明らかとした。そこで本年度は、それぞれの酵素の酵素額的パラメータに基づいた分子数の違いによる反応効率への影響を評価した。また、DNAナノ構造体を新たに設計し、複数の酵素を1分子ずつ最大35分子配置できるDNAナノ構造体の設計評価をおこなった。さらには、これまでの酵素分子間での中間体の拡散が反応効率に影響を及ぼすという知見を生かし、これまでの2次元DNAナノ構造体を3次元DNAナノ構造体へと展開すべく、新たなDNAナノ構造体の設計をおこなった。これらにより、より多段階の連続する酵素反応をDNAナノ構造体上で連携させ、より高効率に反応を進行させることのできる足場の構築をおこなうことができた。さらに、前年度確立したモジュール型アダプターの設計原理に基づいて3分子以上の酵素を配置できるような直交性を有するモジュール型アダプターの開発もおこなった。これらの用いた試験管内での多段階反応システムに関しては、異なる酵素を配置しての評価もおこなった。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (35 results)

All 2018 2017 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (27 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results,  Invited: 12 results) Remarks (4 results)

  • [Journal Article] DNA Origami Scaffolds as Templates for Functional Tetrameric Kir3 K+ Channels2018

    • Author(s)
      Kurokawa Tatsuki、Kiyonaka Shigeki、Nakata Eiji、Endo Masayuki、Koyama Shohei、Mori Emiko、Tran Nam Ha、Dinh Huyen、Suzuki Yuki、Hidaka Kumi、Kawata Masaaki、Sato Chikara、Sugiyama Hiroshi、Morii Takashi、Mori Yasuo
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 57 Pages: 2586~2591

    • DOI

      10.1002/anie.201709982

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 効率的な多段階酵素反応を実現する分子コンビナート2018

    • Author(s)
      中田栄司,森井孝
    • Journal Title

      バイオサイエンスとインダストリー

      Volume: @ Pages: @

  • [Journal Article] 酵素を“1分子ずつ”狙った場所に配置する-多段階反応を効率的に進行させる分子コンビナートをつくる2017

    • Author(s)
      中田栄司,森井孝
    • Journal Title

      Academist Journal

      Volume: @ Pages: @

  • [Journal Article] ナノレベル間隔で異なる酵素を並べる!─複雑な多段階反応を可能にする分子コンビナートへの挑戦─2017

    • Author(s)
      中田栄司,森井孝
    • Journal Title

      化学

      Volume: 11月号 Pages: @

  • [Presentation] DNA Binding Adaptors to Locate Multiple Enzymes on DNA scaffold2017

    • Author(s)
      E. Nakata, T. Morii
    • Organizer
      ISPAC_2017
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 高効率な多段階酵素反応を実現するDNAナノリアクターの創製酵素を “1分子ずつ” 狙った場所に配置する2017

    • Author(s)
      中田栄司,森井孝
    • Organizer
      生体機能関連化学部会若手の会 第29回サマースクール
    • Invited
  • [Presentation] 分子コンビナートよる非天然化合物合成システムの創製2017

    • Author(s)
      中田栄司,森井孝
    • Organizer
      新学術領域「生合成リデザイン」第2回公開シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 直交性を有するモジュール型アダプターによる複数の酵素を配置した分子スイッチボード2017

    • Author(s)
      中田栄司,Nguyen Minh Thang,才村正幸,Dinh Huyen,森井孝
    • Organizer
      第11回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] Activity of the assembled enzyme on DNA scaffold2017

    • Author(s)
      H. Dinh, E. Nakata, T. Morii
    • Organizer
      第11回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] Assembly of DNA Rotaxane and Catenane Inside a DNA Origami Frame2017

    • Author(s)
      A. Rajendran, S.-J. Park, E. Nakata, Y. Kwon, T. Morii
    • Organizer
      第11回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 酵素を“1分子ずつ”狙った場所に配置するー試験管内での高効率な多段階反応システムへの挑戦ー2017

    • Author(s)
      E. Nakata, T. Morii
    • Organizer
      2nd NNBS
    • Invited
  • [Presentation] DNA Binding Adaptors to Locate Multiple Enzymes on DNA scaffold2017

    • Author(s)
      E. Nakata, T. Morii
    • Organizer
      Nano-S&T-2017
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 生物から学んだ分子コンビナートへの挑戦2017

    • Author(s)
      中田栄司
    • Organizer
      京都大学宇治キャンパス公開 特別講演会
  • [Presentation] DNAナノ構造体上に酵素を配置した分子コンビナート2017

    • Author(s)
      中田栄司,森井孝
    • Organizer
      「統合物質創製化学研究推進機構」国内シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] Construction of Topologically Interlocked DNAs Inside a DNA Scaffold2017

    • Author(s)
      A. Rajendran, S.-J. Park, E. Nakata, Y. Kwon, T. Morii
    • Organizer
      第44回国際核酸化学シンポジウム/日本核酸化学会第1会年会The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry /The 1st Annual Meeting of Japan Society of Nucleic Acids Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Orthogonal Modular Adaptors to Locate Three Enzymes for Cascade Reaction on DNA Scaffold2017

    • Author(s)
      T. M. Nguyen, E. Nakata, M. Saimura, H. Dinh, T. Morii
    • Organizer
      第44回国際核酸化学シンポジウム/日本核酸化学会第1会年会The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry /The 1st Annual Meeting of Japan Society of Nucleic Acids Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Reaction of enzymes in the ordered assembly states on DNA nanostructures2017

    • Author(s)
      H. Dinh, E. Nakata, T. Morii
    • Organizer
      第44回国際核酸化学シンポジウム/日本核酸化学会第1会年会The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry /The 1st Annual Meeting of Japan Society of Nucleic Acids Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNAナノ構造体上に複数種類の酵素を配置した分子コンビナート2017

    • Author(s)
      中田栄司, 森井孝
    • Organizer
      第6回植物二次代謝フロンティア研究会
    • Invited
  • [Presentation] DNA Binding Adaptors to Locate Multiple Enzymes on DNA Scaffold2017

    • Author(s)
      E. Nakata, T. Morii
    • Organizer
      ISBC2017 The Second International Symposium on Biofunctional Chemistry
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Assembly of multiple enzymes on a DNA scaffold2017

    • Author(s)
      T.M. Nguyen, E. Nakata, M. Saimura, H. Dinh, T. Morii
    • Organizer
      ISBC2017 The Second International Symposium on Biofunctional Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNA rotaxane and catenane inside a DNA nanostructure2017

    • Author(s)
      A. Rajendran, S-J. Park, E. Nakata, Y. Kwon, T. Morii
    • Organizer
      ISBC2017 The Second International Symposium on Biofunctional Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 酵素を“1分子ずつ”狙った場所に配置する ー生物から学んだ分子コンビナートへの挑戦―2017

    • Author(s)
      中田栄司,森井孝
    • Organizer
      北九州工業高等専門学校 講演会
    • Invited
  • [Presentation] 酵素を“1分子ずつ”狙った場所に配置する ー生物から学んだ分子コンビナートへの挑戦―2017

    • Author(s)
      中田栄司,森井孝
    • Organizer
      第11回バイオ&マテリアル講演会
    • Invited
  • [Presentation] Efficiency of The Enzyme Cascade Reaction on a DNA Scaffold2017

    • Author(s)
      LIN, Peng; NGUYEN, Thang; DINH, Huyen; NAKATA, Eiji; MORII, Takashi
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会2018
  • [Presentation] Reaction of Carbonic Anhydrase assembled on DNA scaffold2017

    • Author(s)
      DINH, Huyen; NAKATA, Eiji; KINOSHITA, Masahiro; MORII, Takashi
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会2018
  • [Presentation] Supramolecular Assemblies of Mechanically Interlocked Components Inside a DNA Origami Frame2017

    • Author(s)
      RAJENDRAN, Arivazhagan; PARK, Seo-jeong; NAKATA, Eiji; KWON, Youngjoo; MORII, Takashi
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会2018
  • [Presentation] Sequence Specific Modular Adaptors for Orthogonal Location of Multiple Enzymes on a DNA scaffold2017

    • Author(s)
      NGUYEN, Thang; NAKATA, Eiji; SAIMURA, Masayuki; MORII, Takashi
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会2018
  • [Presentation] DNAナノ構造体を鋳型にしたナノリポソーム2017

    • Author(s)
      小西 宏明・DINH Huyen・中田 栄司・仲野 瞬・森井 孝
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会2018
  • [Presentation] 多数のタンパク質を配置したDNAナノ構造体の構築2017

    • Author(s)
      中田 栄司・DINH Huyen・才村 正幸・森井 孝
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会2018
  • [Presentation] 酵素を“1分子ずつ”狙った場所に配置したDNAナノリアクターの創製2017

    • Author(s)
      中田栄司,森井孝
    • Organizer
      日本物理学会第73回年次大会(2018年)
    • Invited
  • [Presentation] 非天然化合物合成を目指した分子コンビナートの創製2017

    • Author(s)
      中田栄司,森井孝
    • Organizer
      生物機能化学シンポジウム
    • Invited
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/material/index.html

  • [Remarks]

    • URL

      https://pubs.acs.org/page/jacsat/vi/engineered-bio-catalysts?utm_source=JACS&utm_medium=IMG&utm_campaign=PUBS1017EJK

  • [Remarks]

    • URL

      http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/new-iae/NewsRelease/JP/2017/06/01-162221.html

  • [Remarks]

    • URL

      http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/170518_2.html

URL: 

Published: 2019-12-27  

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