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2015 Fiscal Year Annual Research Report

光合成能喪失藻類をモデルとした従属栄養性への進化を駆動する因子の提唱

Research Project

Project/Area Number 15H05606
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

神川 龍馬  京都大学, 地球環境学堂, 助教 (40627634)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2019-03-31
Keywords葉緑体ゲノム / トランスクリプトーム / 珪藻類 / 光合成
Outline of Annual Research Achievements

非光合成性珪藻類1株について、葉緑体ゲノムおよびミトコンドリアゲノムの全長を決定した。ミトコンドリアゲノムにはほとんど光合成種との間に特筆すべき違いは見いだせなかったが、葉緑体ゲノムはゲノムサイズや遺伝子数に著しい縮退が見られた。その縮退の主要要因は光合成関連遺伝子の喪失であることが分かった。その一方で、葉緑体ゲノム上にはATP合成酵素遺伝子、鉄硫黄クラスター合成遺伝子、タンパク質分解酵素遺伝子、リボソームタンパク質遺伝子、タンパク質輸送装置遺伝子などがコードされていた。これらの機能が、非光合成性珪藻類の生存・増殖にとって未だに必須であるために、葉緑体ゲノムが消失していないのだと考えられた。また、トランスクリプトーム解析を行い、非光合成性珪藻類葉緑体にはATPが輸送されるためのトランスポーターがあることが分かった。現在、さらにトランスクリプトームの解析を進めている。
入手した環境サンプルから、新たな株の確立を行うと同時に、これらのサンプルからDNAを抽出し、存在する生物種の同定・定量を種々の分子生物学的手法により進めている。また、環境サンプル中に存在する従属栄養性珪藻類の分子生物学的手法による定量を現在進めている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

計画されていたオルガネラゲノム解読ならびにトランスクリプトーム解析は順調に進んでいる。また、新たに株を作成するなど、実験材料の蓄積も進んでいる。環境データの蓄積も今後順調に進むことが予想されることから、上記の区分を選択した。

Strategy for Future Research Activity

研究計画書通りに進んでいることから、今後の推進方策について大幅な変更は必要ないと思われる。今後も計画書に沿って研究を進めていく。

  • Research Products

    (19 results)

All 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 6 results,  Acknowledgement Compliant: 6 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Dalhousie University/University of British Columbia(Canada)

    • Country Name
      Canada
    • Counterpart Institution
      Dalhousie University/University of British Columbia
  • [Int'l Joint Research] Phillips Universitat Marburg(Germany)

    • Country Name
      Germany
    • Counterpart Institution
      Phillips Universitat Marburg
  • [Journal Article] Group II intron-mediated trans-splicing in the gene-rich mitochondria of an enigmaticeukaryote Diphylleia rotans.2016

    • Author(s)
      Kamikawa R, Shiratori T, Ishida K, Miyashita H, Roger AJ.
    • Journal Title

      Genome Biology and Evolution

      Volume: 8 Pages: 458-466

    • DOI

      10.1093/gbe/evw011

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 光合成能力を失った種と葉緑体の進化・多様性 ~環境と栄養性の進化関係の解明へ向けて~.2016

    • Author(s)
      神川龍馬
    • Journal Title

      生物の科学 遺伝

      Volume: 70 Pages: 115-120

  • [Journal Article] Proposal of a Twin-arginine translocator-mediated constraint against loss of ATP synthase genes from nonphotosynthetic plastid genomes.2015

    • Author(s)
      Kamikawa R, Tanifuji G, Ishikawa SA, Onodera TN, Ishii K, Matsuno Y, Ishida K, Hashimoto T, Miyashita H, Mayama S, Inagaki Y.
    • Journal Title

      Molecular Biology and Evolution

      Volume: 32 Pages: 2598-2604

    • DOI

      10.1093/molbev/msv134

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Plastid genome-based phylogeny pinpointed the origin of the green-colored plastid in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum.2015

    • Author(s)
      Kamikawa R, Tanifuji G, Kawachi M, Miyashita H, Hashimoto T, Inagaki Y.
    • Journal Title

      Genome Biology and Evolution

      Volume: 7 Pages: 1133-1140

    • DOI

      10.1093/gbe/evv060

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] The mitochondrial genomes of a mixozoan genus Kudoa species are extremely diverged among Metazoa.2015

    • Author(s)
      Takeuchi F, Sekizuka T, Ogasawara Y, Yokoyama H, Kamikawa R, Inagaki Y, Nozaki T, Sugita-Konishi Y, Ohnishi T, Kuroda M.
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 10 Pages: e0132030

    • DOI

      0.1371/journal.pone.0132030

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Discovery of PPi-type phosphoenolpyruvate carboxykinase genes in eukaryotes and bacteria.2015

    • Author(s)
      Chiba Y, Kamikawa R, Nakada-Tsukui K, Saito-Nakano Y, Nozaki T.
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 290 Pages: 23960-23970

    • DOI

      10.1074/jbc.M115.672907

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Nitzschia、光合成やめるってよ2015

    • Author(s)
      神川龍馬
    • Journal Title

      藻類

      Volume: 63 Pages: 196-200

  • [Journal Article] Multiple conversion between the genes encoding bacterial class-I release factors.2015

    • Author(s)
      Ishikawa SA, Kamikawa R, Inagaki Y
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 5 Pages: 12406

    • DOI

      10.1038/srep12406

    • Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 非光合成性珪藻類無色葉緑体における機能2016

    • Author(s)
      神川龍馬1,Stefan Zauner, Uwe Maier, Daniel Moog, John M. Archibald, Andrew J. Roger, 真山茂樹,石田健一郎,宮下英明,稲垣祐司
    • Organizer
      第40回藻類学会
    • Place of Presentation
      日本歯科大、東京
    • Year and Date
      2016-03-18 – 2016-03-20
  • [Presentation] 新奇ケルコゾア生物Brevimastigomonas sp. KY003株の持つ新たなミトコンドリア様オルガネラ.2015

    • Author(s)
      松野佑成、石井健一郎、宮下英明、神川龍馬.
    • Organizer
      第30回日本微生物生態学会
    • Place of Presentation
      土浦亀城プラザ、茨城
    • Year and Date
      2015-10-17 – 2015-10-20
  • [Presentation] The dynamics of mitochondrial metabolism in a cercozoan capable of growth in aerobic and low-oxygen conditions.2015

    • Author(s)
      Kamikawa R
    • Organizer
      2nd International Symposium Matryoshka-type Evolution of Eukaryotic Cells
    • Place of Presentation
      筑波大学、茨城
    • Year and Date
      2015-09-30 – 2015-10-02
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Convergent evolution of carbon metabolisms after loss of photosynthesis.2015

    • Author(s)
      Kamikawa R, Inagaki Y
    • Organizer
      2nd International Symposium Matryoshka-type Evolution of Eukaryotic Cells
    • Place of Presentation
      筑波大学、茨城
    • Year and Date
      2015-09-30 – 2015-10-02
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Rhopalodia科珪藻における細胞内共生シアノバクテリアのゲノム縮退進化.2015

    • Author(s)
      中山卓郎、神川龍馬、谷藤吾朗、稲垣祐司.
    • Organizer
      第79回日本植物学会
    • Place of Presentation
      新潟コンベンションセンター、新潟
    • Year and Date
      2015-09-08
  • [Presentation] The dynamics of mitochondrial metabolism .in a cercozoan capable of growth in aerobic and low-oxygen conditions.2015

    • Author(s)
      Kamikawa R
    • Organizer
      VIIECOP-ISOP joint meeting
    • Place of Presentation
      Seville, Spain
    • Year and Date
      2015-09-05 – 2015-09-10
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ヌクレオモルフをもつ2 種の未記載渦鞭毛藻: 真核藻の細胞内共生を介し た葉緑体成立過程を解き 明かす新たなモデルとし て.2015

    • Author(s)
      皿井千裕、谷藤吾朗、 中山卓郎、神川龍馬、 高橋和也、石田健一郎、 岩滝光儀、稲垣祐司.
    • Organizer
      日本進化学会第17回大会
    • Place of Presentation
      中央大学、東京
    • Year and Date
      2015-08-21
    • Invited
  • [Presentation] Two cercozoans from low-oxygen environments reveal the early stages of mitochondrial adaptation to anaerobiosis2015

    • Author(s)
      Kamikawa R
    • Organizer
      Integrated Microbial Biodiversity Program meeting, Canadian Institute for Advanced Research
    • Place of Presentation
      Victoria, Canada
    • Year and Date
      2015-05-26 – 2015-05-29
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] Ryomas website

    • URL

      https://sites.google.com/site/ryomakamikawa/Home

URL: 

Published: 2017-01-06  

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