2018 Fiscal Year Annual Research Report
Development of next-generation mouse genetics toward comprehensive identification of phenotype-related cells
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15H05650
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
洲崎 悦生 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 講師 (10444803)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | システム生物学 / 遺伝学的ラベリング / 組織透明化 / 3次元イメージング |
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| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度までに、高速な「交配なし」遺伝学の構築と検証実験を終了し、原著論文および英文総説としてまとめ、報告を完了している。 本年度は特に全臓器スケールのサンプルから細胞を同定する技術(個体レベルのシステム要素同定技術)についてさらに検討を進めた。具体的には、アデノ随伴ウイルスや狂犬病ウイルスを用いた細胞ラベリング後、アップデートした組織透明化プロトコルを適応して、蛍光タンパク質等の発現を全臓器スケールで3次元的に観察することに成功した。さらに、イメージングの高速化に向けた画像取得シーケンスや、取得画像から必要な前処理やセグメンテーションを行うための解析手法について検討し 、取得画像からの情報抽出に必要な解析パイプラインの構築を進めた。その結果、画像取得に使用しているライトシート顕微鏡のスペックに十分対応した画像処理シーケンスの構築に成功したほか、全脳のイメージングデータからラベルされた特定の細胞を1細胞解像度で検出するアルゴリズムの構築に成功した。また、透明化と組織学的染色法の組み合わせによるmulti-modalな情報取得についても検討し、一定の成果を得た。以上のシステム要素同定技術についての結果をまとめ、近く論文投稿を行う予定である。
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| Research Progress Status |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Novel 3D analysis using optical tissue clearing documents the evolution of murine rapidly progressive glomerulonephritis2019
Author(s)
Puelles VG, Fleck D, Ortz L, Papadouri S, Thiago T, Boehner A, van der Wolde JW, Vogt M, Saritas T, Kuppe C, Fuss A, Menzel S, Klinkhammer BM, Mller-Newen G, Heymann F, Decker L, Braun F, Kretz O, Huber TB, Susaki EA, Ueda HR, et al.
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Journal Title
Kidney international
Volume: AOP
Pages: AOP
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Chemical Landscape for Tissue Clearing Based on Hydrophilic Reagents.2018
Author(s)
Tainaka K, Murakami TC, Susaki EA, Shimizu C, Saito R, Takahashi K, Hayashi-Takagi A, Sekiya H, Arima Y, Nojima S, Ikemura M, Ushiku T, Shimizu Y, Murakami M, Tanaka KF, Iino M, Kasai H, Sasaoka T, Kobayashi K, Miyazono K, Morii E, Isa T, Fukayama M, Kakita A, Ueda HR
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Journal Title
Cell reports
Volume: 24
Pages: 2196-2210
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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