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2015 Fiscal Year Research-status Report

ウミヘビ類の比較ゲノムに基づく海洋環境適応進化の分子的基盤の解明

Research Project

Project/Area Number 15K07184
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

岸田 拓士  京都大学, 野生動物研究センター, 助教 (40527892)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
Keywordsショットガンシークエンス / ゲノムアセンブル / ウミヘビ
Outline of Annual Research Achievements

沖縄本島周辺海域においてサンプリングを行い、海棲ウミヘビ類の1種クロガシラウミヘビHydrophis melanocephalusおよび両棲ウミヘビの1種ヒロオウミヘビLaticauda laticaudataを採集した。これら採集個体からDNAを抽出してペアエンドおよびメイトペアライブラリを作成し、イルミナ社のショートリードシークエンサーで全ゲノムショットガンシークエンスを行った。
これらの配列データをもとにスーパーコンピューター上でde Novoゲノムアセンブルを行い、概ね期待通りのN50値のゲノム配列を得られつつある。今後の解析に最適の結果が得られるよう、現在は細かいパラメーターの微調整を行っている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

現時点で全ゲノムショットガンシークエンスまで完了しており、概ね予定通りに研究が進行している。

Strategy for Future Research Activity

得られたゲノムアセンブルから遺伝子のアノテーションを網羅的に行い、陸棲・両棲・海棲種間での比較を行うことで、海洋環境への適応進化に伴って大きく変化した遺伝子群をあぶりだす。また。ゲノムを解読した個体のSNPなどを解析することにより、集団遺伝学的な解析を行って、明瞭な地理的分断の存在しない海洋環境における種分化などの解明を目指す。
得られた結果は順次論文にまとめて専門誌に投稿する。

  • Research Products

    (7 results)

All 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (1 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Northeast Ohio Medical University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Northeast Ohio Medical University
  • [Journal Article] 鯨類は海洋環境への適応進化の過程で嗅球の背側領域を失った2015

    • Author(s)
      岸田拓士
    • Journal Title

      Aroma Research

      Volume: 62 Pages: 37-39

  • [Presentation] Evolution and diversity of olfactory receptor genes among cetaceans, and the genetic basis of baleen whale olfaction2015

    • Author(s)
      Takushi Kishida
    • Organizer
      The 21st Biennial Conference on Marine Mammals
    • Place of Presentation
      サンフランシスコ(米国)
    • Year and Date
      2015-12-13 – 2015-12-18
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] クロミンククジラのゲノムを解読しました2015

    • Author(s)
      岸田拓士
    • Organizer
      2015年度勇魚会シンポジウム
    • Place of Presentation
      日本大学藤沢キャンパス(神奈川県藤沢市)
    • Year and Date
      2015-11-28 – 2015-11-29
    • Invited
  • [Presentation] Aquatic adaptation and the evolution of the sense of smell in whales2015

    • Author(s)
      岸田拓士
    • Organizer
      日本味と匂学会第49会大会
    • Place of Presentation
      十六プラザ(岐阜県岐阜市)
    • Year and Date
      2015-09-24 – 2015-09-26
    • Invited
  • [Presentation] 鯨類の嗅覚受容体遺伝子レパートリーの解析ーーヒゲクジラの嗅覚能力を分子から探る2015

    • Author(s)
      岸田拓士
    • Organizer
      日本進化学会第17回大会
    • Place of Presentation
      中央大学後楽園キャンパス(東京都文京区)
    • Year and Date
      2015-08-20 – 2015-08-23
  • [Book] クジラの鼻から進化を覗く2016

    • Author(s)
      岸田拓士
    • Total Pages
      123
    • Publisher
      慶応義塾大学出版会

URL: 

Published: 2017-01-06   Modified: 2022-01-24  

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