2017 Fiscal Year Research-status Report
ゲノムスケール多数遺伝子配列データを用いた種の系統関係の推定
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15K07187
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| Research Institution | Kagawa University |
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Principal Investigator |
竹崎 直子 香川大学, 総合生命科学研究センター, 教授 (30398036)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 分子系統樹 / 多遺伝子データ / 分岐年代推定 / 進化速度 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
軟骨魚類と硬骨魚であるray-finned fishをアウトグループとして用いたシーラカンス、肺魚、四足動物の系統関係の推定で、アウトグループが影響することが、これまでの研究でわかった。系統的には硬骨魚であるray-finned fishの方が軟骨魚類よりもシーラカンス、肺魚、四足動物(lobe-finned vertebrate)に近いが、進化速度が速いために、正しい系統関係の推定には適していないというものである。それを実際のデータで検証するために、進化速度が遅いray-finned fishであるgarやbowfinをアウトグループとして用いて、肺魚がシーラカンスよりも四足動物に近縁であることが高い統計的支持を得ることを確かめた。この結果を論文としてまとめ雑誌Genome Biology and Evolutionに発表した。
この系統解析に用いたアミノ酸データを用いて、①lobe-finned vertebrate との ray-finned fishの分岐、②哺乳類とsaroupsid（鳥やトカゲ）との分岐、③garとbowfinとteleost fishの分岐の化石年代から長期的アミノ酸の進化速度の計算を行った。①と②の分岐間の進化速度が②以降の進化速度の約3倍くらい高いという結果になった。①の分岐の化石年代の不確かさを考慮しても①と②の分岐間の進化速度が②以降よりも高いという結論には影響しないと思われる。また、③の分岐以降garやbowfinの進化速度はteleost fishよりもずっと遅くなっているが、①と③の間では③以降のteleost fishと同じかそれよりも高い進化速度であった可能性を示唆する結果を得た。これらの結果を論文にまとめ、投稿し、現在revise中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
分岐年代推定の論文にまとめるのに、論文とするための詰めに思ったよりも時間がかかっている。
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| Strategy for Future Research Activity |
できるだけ論理を明瞭にし、研究内容の大きな枠組みでの位置付けを行う。
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| Causes of Carryover |
研究結果の論文へのまとめが遅れ、論文掲載料の支払いがなかったため。
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