2016 Fiscal Year Research-status Report
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15K07238
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| Research Institution | Nagasaki University |
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Principal Investigator |
佐伯 和信 長崎大学, 医歯薬学総合研究科(医学系), 講師 (80195966)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
分部 哲秋 長崎大学, 医歯薬学総合研究科(医学系), 客員研究員 (50124847)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 古墳人 / ミトコンドリアDNA / ハヤト / ハプログループ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究計画は、ハヤト(隼人)の原像とも呼べる南九州地域の古墳人集団について、ミトコンドリアDNA (mtDNA) 解析を行い、シークエンスデータからハプログループの頻度構成を導き出し、集団としての分子遺伝学的特性および系譜を明らかにすることを大きな目的としている。平成27年度から、南九州出土(山間部)古墳人約50体を対象に、Single PCRによる mtDNA のD-LoopのHVR1とHVR2領域を主とした塩基配列の解読と Multiplex PCR APLP法を用いたハプログループの決定を試みている。
当初の見込みでは、比較的保存状態の良い人骨を選んで分析を進行させているので60～80％の人骨から結果が得られることを想定していたが、保存DNAのダメージが大きいためか、多くのサンプルで良好なPCRの結果を得ることができなかった。現在まで、目標をかなり下回っており、10数体程度の結果を得るにとどまっている。
分析結果の中で、Single PCR、またMultiplex PCR ともに複数のサンプルが混在している例がみられたため、本年度は現代人骨によって抽出および分析方法の検証を行った。その結果、現代人骨でも一部に複数サンプルの混在例が認められたが、概ね解析結果は良好であり、方法に問題はないと考えられる。また、ネガティプコントロールにも問題はないので、DNAサンプルを得る段階に原因があると推察される。DNAの抽出と増幅に工夫を施し、コンタミネーションにも細心の注意を払って分析を進めていく必要性があると考えている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
比較的保存状態の良い古墳人骨を選定してDNA抽出を行い分析を行っているが、PCRの段階でDNAの増幅を認めないサンプルが多く、27-28年度に見込んでいた体数の分析結果を得られていない。また、数例ではコンタミネーションが疑われる結果もみられた。
28年度は追加の実験として、現代人骨によってDNA抽出とDNA増幅の再現性を試みて方法の検証を行った。この検証の実験も遅延理由の一つである。
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| Strategy for Future Research Activity |
本年度、抽出や分析の方法について現代人骨で検証し、良好な結果が得られていることから、方法には問題ないと考えられるので、古墳人骨そのものにDNA増幅のために十分なDNAが残っていないことが大きいように思える。あるいは、抽出していてもごく短い断片になっている可能性もある。
今後の方策として、①短い断片でも増幅されるようにPCRのプライマーをデザインする、②増幅に適したPCRの設定、キットの選定をする、という工夫を行って分析を進めていきたい。コンタミネーション対策には万全を期すが、サンプル数がある程度増えないことには集団としての遺伝的系譜は導き出せないので、DNAを抽出して１体でも多くの結果を得ることを優先させる。
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| Causes of Carryover |
27年度、古墳人骨からのDNA増幅例数（割合）が想定していたもかなり悪かったため、28年度の研究に骨からのDNA抽出および分析方法（PCR）の検証を現代人骨で行う実験を組み込んだ。そのため、目的の古墳時代人骨の分析数が予定よりもかなり減少するこことなり、物品費（主に消耗品）の支出が半減した。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
当初の実験計画では、２９年度はまとめの年度ど位置づけ、古墳人骨の分析は補足的に行う予定であったが、２８年度予定の分析が遅延しているので、これを２９年度の前半期に進める。前年度未使用額の戻入れ金はこれに充当する。
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Research Products
(1 results)
