2017 Fiscal Year Research-status Report
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15K07238
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| Research Institution | Nagasaki University |
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Principal Investigator |
佐伯 和信 長崎大学, 医歯薬学総合研究科(医学系), 講師 (80195966)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
分部 哲秋 長崎大学, 医歯薬学総合研究科(医学系), 客員研究員 (50124847)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 古墳人 / ミトコンドリアDNA / ハヤト / ハプログループ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究計画は、ハヤト(隼人)の原像とも呼べる南九州地域の古墳時代人集団について、ミトコンドリアDNA (mtDNA) 解析を行い、シークエンスデータからハプログループの頻度構成を導き出して、集団としての分子遺伝学的特性および系譜を明らかにすることを大きな目的としている。平成27年度から、南九州出土(山間部)古墳人約50体を対象に、Single PCRによる mtDNA のD-LoopのHVR1とHVR2領域を主とした塩基配列の解読と Multiplex PCR APLP法を用いたハプログループの決定を試みている。これまで、比較的保存状態の良い人骨を選んで分析を進行させているが、保存DNAのダメージがかなり強いためか、当初の分析目標(60-80％)から大きく下回り、10数体(約25%)の結果を得るにとどまっている。
分析結果の中で、Single PCR、またMultiplex PCR ともに複数のサンプルが混在している例がみられたため、28-29年度は現代人骨によって抽出および分析方法の検証も同時に行った。その結果、現代人骨でも一部に複数サンプルの混在例が認められたが、概ね解析結果は良好であり、方法に問題はないと考えられた。また、ネガティプコントロールの解析結果も問題はないので、DNAサンプルそのもの、あるいは抽出・増幅の過程に原因があると推察される。DNAの抽出と増幅に工夫を施し、コンタミネーションにも細心の注意を払って分析を進めていく必要性があると考えている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
比較的保存状態の良い古墳人骨を選定してDNA抽出を行い分析を行っているが、PCRの段階でDNAの増幅を認めないサンプルが多く、当初見込んでいた体数の分析結果を得られていない。また、コンタミネーションが疑われる結果もみられており、方法の検証ため、現代人骨によってDNA抽出とDNA増幅の再現性を複数回試みた。この検証実験も遅延理由の一つである。さらに、29年度は代表者の体調が悪化し、計画通りに研究を進めることができなかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
昨年度から本年度にかけて、抽出や分析の方法について現代人骨で検証し、比較的良好な結果が得られたことから、方法は問題ないと思われるので、古墳人骨からDNAの分析結果が思うように得られない理由として、DNA増幅のために十分なDNAが残っていないか、あるいは抽出されていてもごく短い断片になっていることが考えられる。
今後の方策として、①短い断片でも増幅されるようにPCRのプライマーをデザインする、②増幅に適したPCRの設定、キットの選定をする、という工夫を行って分析を進めていきたい。コンタミネーション対策には万全を期すが、サンプル数がある程度増えないことには集団としての遺伝的系譜は導き出せないので、DNAを抽出して１体でも多くの結果を得ることを優先させる。
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| Causes of Carryover |
（理由） 古墳時代人骨からのDNA抽出・増幅例数が想定していた数よりもかなり少なかったため、また代表者の体調が悪かったため研究に遅延が生じ、計画通りに研究を進展させることができなかった。そのため、物品費（主に消耗品）の支出がいくぶん減じた。
（使用計画） ２９年度の当初の計画を、３０年度へ回し研究を進める。次年度の使用額は、物品費として使用する。
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