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2006 Fiscal Year Annual Research Report

ヒドロゲナーゼの活性部位における金属クラスターの構造化学と機能発現

Research Project

Project/Area Number 16074214
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

樋口 芳樹  兵庫県立大学, 大学院生命理学研究科, 教授 (90183574)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小森 博文  兵庫県立大学, 大学院生命理学研究科, 助手 (30382261)
Keywords[NiFe]ヒドロゲナーゼ / 超高分解能X線構造解析 / 硫酸還元菌 / CO結合型ヒドロゲナーゼ / 準動的X線結晶解析法 / クリーンエネルギー / 燃料電池 / 金属タンパク質
Research Abstract

ヒドロゲナーゼは水素代謝に関わる金属酵素である.本酵素は水素の酸化.還元を触媒する機能を持つ.従って本酵素の工業的利用の可能性を探る研究は新規燃料電池の開発や石油に変わるクリーンエネルギー生成の道を拓くことにつながる.活性部位はNiとFe原子からなる複核金属錯体である.空気中で精製された酵素の活性部位のNi原子はIII価の酸化状態で不活性である.最近,その不活性型には二つの状態が存在することが明らかになった.それらはESRの測定によるNiのg値が(2.01,2.24,2.32)となるNi-A型と(2.01,2.16,2.33)のNi-B型と呼ばれる.Ni-A型は不活性一安定型分子であり,Ni-B型は不活性一活性準備型とも言われる.酵素が触媒作用を示すためにはNi-B型が必要であるが,触媒作用を休止するにはNi-A型にならなければ酵素を安定に取り扱うことはできない.本研究では,両者を完全に造り分ける方法を確立し,ヒドロゲナーゼの機能発現に至る過程を自在に操る方法を開発することを目指した.
昨年度までの研究で,Ni-A型とNi-B型の混合物である精製酵素溶液に50mMのNa_2Sを加え,空気に暴露することにより,純粋なNi-A型を調製する方法を見出していた.また,この過程においてNi-A型とNi-B型の中間体を経ていることも見出した.さらに,Ni-A型とNi-B型のそれぞれについて結晶化に成功し,X線結晶構造解析を行い,Ni-A型ではFeとNiの間のブリッジ配位子が2原子分子であるが,Ni-B型は単原子であることを見出しいた.
今年度は,この酵素の水素活性化の過程において,Ni-Fe活性部位の配位子構造がどのように変化していくかをさらに詳細に調べるために中性子線結晶解析に適する結晶の調製条件をスクリーニングして,0.2mm^3程度の大きさの単結晶の調製に成功した.また,活性部位の配位子構造を構築するための酵素群のうち,HypEタンパク質の結晶化に成功し,その回折実験を進めた.

  • Research Products

    (8 results)

All 2006

All Journal Article (8 results)

  • [Journal Article] A single-crystal ENDOR and density functional theory study of the oxidized states of the [NiFe] hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F2006

    • Author(s)
      M.van Gastel, M.Stein, M.Brecht, O.Schroder, F.Lendzian, R.Bittl, H.Ogata, Y.Higuchi, W.Lubitz
    • Journal Title

      J. Biol. Inorg. Chem. 11

      Pages: 41-51

  • [Journal Article] Redox-Dependent Interaction of Cytochrome c_3 with [NiFe] Hydrogenase from D. vulgaris Miyazaki F2006

    • Author(s)
      N.Yahata, K.Ozawa, A.Nakahara, H.Ogata, Y.Higuchi, H.Akutsu
    • Journal Title

      Biochemistry 45

      Pages: 1653-1662

  • [Journal Article] Mutational analysis of 6-aminohexanoate-dimerhydrolase : Relationship between nylon oligomer hydrolytic and esterolytic activities2006

    • Author(s)
      T.Ohki, Y.Wakitani, M.Takeo, K.Yasuhira, N.Shibata, Y.Higuchi, S.Negoro
    • Journal Title

      FEBS Letters 580

      Pages: 5054-5058

  • [Journal Article] Roles of Charged Residues in pH-dependent Redox Properties of Cytochrome c_3 from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F2006

    • Author(s)
      N.Yahata, K.Ozawa, Y.Tomimoto, K.Morita, H.Komori, H.Ogata, Y.Higuchi, H.Akutsu
    • Journal Title

      Biophysics 2

      Pages: 45-56

  • [Journal Article] Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of CooA from Carboxydothermus hya rogenoformans2006

    • Author(s)
      H.Komori, K.Satomoto, Y.Ueda, N.Shibata, S.Inagaki, S.Yoshioka, S.Aono, Y.Higuchi
    • Journal Title

      Acta Crystallogr. F62

      Pages: 471-473

  • [Journal Article] High Fidelity Self-Sorting Assembling of meso-Cinchomeronimide Appende dmeso-meso Linked Zn(II) Diporphyrins2006

    • Author(s)
      T.Kamada, N.Aratani, T.Ikeda, N.Shibata, Y.Higuchi, A.Wakamiya, S.Yamaguchi, K.S.Kim, Z.S.Yoon, D.Kim, A.Osuka
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc. 128

      Pages: 7670-7678

  • [Journal Article] Crystallization and X-ray Diffraction Analysis of 6-aminohexanoate-cyclic-dimer Hydrolase from Arthrobacter sp. KI722006

    • Author(s)
      K.Yasuhira, Y.Uedo, N.Shibata, S.Negoro, M.Takeo, Y.Higuchi
    • Journal Title

      Acta Crystallogr. F62

      Pages: 1209-1211

  • [Journal Article] Structure of the Cadherin-related Neuronal Receptor/Protocadherin-α First Extracellular Cadherin Domain Reveals Diversity across Cadherin Families2006

    • Author(s)
      H.Morishita, M.Umitsu, Y.Murata, N.Shibata, K.Udaka, Y.Higuchi, H.Akutsu, T.Yamaguchi, T.Yagi, T.Ikegami
    • Journal Title

      J. Biol. Chem. 281

      Pages: 33650-33663

URL: 

Published: 2008-05-08   Modified: 2016-04-21  

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