2007 Fiscal Year Annual Research Report
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16300088
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| Research Institution | The Institute of Statistical Mathematics |
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Principal Investigator |
江口 真透 The Institute of Statistical Mathematics, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
藤澤 洋徳 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 准教授 (00301177)
逸見 昌之 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 助教 (80465921)
松浦 正明 癌研究会ゲノムセンター, 情報解析部門, 部門長 (40173794)
竹之内 高志 奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 研究員 (50403340)
川喜田 雅則 九州大学, 大学院・システム情報科学研究院・情報工学部門, 助教 (90435496)
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| Keywords | ゲノムデータ / プロテオーム / マイクロアレイ / SNP / 遺伝子発現 |
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| Research Abstract |
最終年度の研究目的である「3種類のゲノムデータから,それぞれの間の強い連関性をもつ特徴量の発見」のために具体的には次の研究を進めた.
1. マイクロアレイの遺伝子発現データとプロテオームのタンパク質量データに関しては、有意に発現した遺伝子と質量ピークの関連の可能性を、遺伝子の機能と想定されるタンパクの関連から実際の相関を決定した.遺伝子発現はゲノムからコードされた情報をもとにしてmRNAの転写量によるものであり,それを翻訳して得られたものがタンパクである。この流れを基にして膨大な関連の候補を絞り込むために有効なアルゴリズムの開発がほぼ完成した.
2. SNPの遺伝子型のデータとマイクロアレイの遺伝子発現データに関して連関分析を遂行した.困難さの一つは遺伝子型というカテゴリカルなデータと遺伝子発現という連続型のデータの相関を適切に測る尺度が今までの研究では得られていない点である.このため新たな統計量をある遺伝子にあるSNPsの間のハミング距離を定義した.これによって連続型のデータと扱う方法も考えられるが、その問題点についてはまだよく分かってない点が多いので今後の課題としたい.
3. 遺伝子発現のためのエクソンアレイデータの問題点について調査した.最近,次期のアレイデータの方式として急速に普及しつつあるエクソンアレイデータについて従来の方式,例えばU133で得られたデータとの比較,補正について統計的な観点から適切な方法を検討した.
上記の計画を円滑に進めるために癌研究所,国立遺伝研究,国立がんセンター研究所,国立循環器センター研究所の共同研究者との情報交換,共同研究を密接に行った.
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Research Products
(25 results)
