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2007 Fiscal Year Annual Research Report

遺伝子の一塩基多型(SNP)の効率的検出手法の開発研究

Research Project

Project/Area Number 16350090
Research InstitutionKanagawa University

Principal Investigator

小野 晶  Kanagawa University, 工学部, 教授 (10183253)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 岡本 到  神奈川大学, 工学部, 助手 (40460133)
田代 充  明星大学, 理工学部, 准教授 (40315750)
KeywordsSNP / 一塩基多型 / DNA / 金属イオン / DNA二本鎖 / 熱安定性
Research Abstract

遺伝子型の分類作業をマッピングと呼ぶ。マッピングには遺伝子上の目印(マーカー)を必要とするが、一塩基多型(SNP)は、現在、最も注目されているマーカーである。本研究の目的は、「DNA中のミスペアー塩基対が特定の金属イオンと高選択的に結合する」という現象を利用してSNPタイピング手法の効率を向上させることにあり、合成モデルDNAを用いて基盤技術を確立することが20年度の目標であった。代表者らは、天然のDNAには見られないピリミジン-ピリミジン塩基対に金属イオンが高選択的に結合すること、即ち、チミン-チミンペアに水銀イオン、シトシン-シトシンペアに銀イオンが結合してDNA二本鎖構造を安定化することを発見した。この現象をSNPのタイピングに利用すべく、モデル合成DNA二本鎖を用いて、金属イオンの添加によるDNA二本鎖の安定性の増加を、熱変性法及び滴定型熱量測定法により解析した。また、T-Hg-T塩基対の構造を高分解能NMR法により解析した。さらに有毒な水銀イオンの代わりに毒性の低い金属イオンを利用する手法を開発する目的で、合成ピリミジンアナログを含むDNAと金属イオンの相互作用を検討した。4-チオチミン、N4-カルボキシメチルシトシン、N4-アセチルアミノシトシンを有するDNAを化学合成し、相補的配列を有するDNAと形成する二本鎖の安定性を、金属イオン存在下または非存在下で検討した。銅イオン、ニッケルイオンにより安定化される組み合わせを見出したが、SNPの検出に利用できるほど大きな安定化を示す人工塩基を見出すに至っていない。さらに研究を継続する必要がある。

  • Research Products

    (13 results)

All 2007

All Journal Article (7 results) Presentation (6 results)

  • [Journal Article] Structural and physicochemical features on the metal-mediated base pairs2007

    • Author(s)
      Y. Tanaka, et. al.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symposium Series No.51

      Pages: 75-76

  • [Journal Article] Preparation and metal ion-binding of 4-substituted cytosine pairs in DNA duplexs2007

    • Author(s)
      K. Sugiyama, et. al.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symposium Series No.51

      Pages: 177-178

  • [Journal Article] Preparation of DNA double helical structures containing both mercury and silver ions2007

    • Author(s)
      K. Yanagida, et. al.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symposium Series No.51

      Pages: 179-180

  • [Journal Article] Synthesis of DNA duplexes containing complexes of 5-modified pyrimidine bases and metal ions2007

    • Author(s)
      K. Iwamoto, et. al.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symposium Series No.51

      Pages: 181-182

  • [Journal Article] The specific interaction between two C:C mismatch base pairs and silver(I)cation2007

    • Author(s)
      H. Torigoe, et. al.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symposium Series No.51

      Pages: 183-184

  • [Journal Article] The specific interactoin between two T:T mismatch base pairs and mercury(II)cation2007

    • Author(s)
      H. Torigoe, et. al.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symposium Series No.51

      Pages: 185-186

  • [Journal Article] Synthesis of an enantiomeric DNA oligomer and its T-Hg^<II>-T base pair formation2007

    • Author(s)
      H. Haruta, et. al.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symposium Series No.51

      Pages: 187-188

  • [Presentation] 水銀を介したT-T塩基対の分光学的・熱力学的研究2007

    • Author(s)
      田中 好幸, 他
    • Organizer
      第22回生体機能関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      20070928-29
  • [Presentation] 長鎖金属イオン含有DNAワイヤーの合成研究2007

    • Author(s)
      小野 晶
    • Organizer
      第19回生体機能関連化学若手の会サマースクール
    • Place of Presentation
      八王子
    • Year and Date
      20070806-07
  • [Presentation] Synthesis of Metal-DNA Complexes2007

    • Author(s)
      Akira Ono
    • Organizer
      9th International Symposium on Biotechnology Meta Complexes and Catalysis
    • Place of Presentation
      Xilinhot, Inner Mongolia, China
    • Year and Date
      20070726-29
  • [Presentation] 金属含有DNAワイヤーの合成2007

    • Author(s)
      小野 晶
    • Organizer
      第35回高分子夏季大学
    • Place of Presentation
      洞爺湖
    • Year and Date
      20070717-19
  • [Presentation] 水銀を介した T-T 塩基対における窒素-水銀共有結合形成の可逆性に関する研究2007

    • Author(s)
      内山 朋美, 他
    • Organizer
      第34回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      20070622-23
  • [Presentation] DNAの金属イオンを介した自己組織化的螺旋構造解析2007

    • Author(s)
      小野 晶, 他
    • Organizer
      分子研研究会
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      20070601-03

URL: 

Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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