2007 Fiscal Year Annual Research Report
他殖性ならびに自殖性植物集団における適応性関連遺伝子の挙動解析
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16380003
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
大澤 良 University of Tsukuba, 大学院・生命環境科学研究科, 准教授 (80211788)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
岩田 洋佳 中央農業総合研究センター, 農業情報研究部・グリッドコンピューティングチーム, 主任研究員 (00355489)
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| Keywords | 生態型分化 / Fagopyrum esculentum / 遺伝構造 / DNAマーカー / 農業形質 / cDNA |
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| Research Abstract |
現在保有するcDNAライブラリーから作成した158プライマーペアのうち114プライマーペアにおいて明瞭な増幅が見られた。しかしながら系統間多型はあまり多く認められず、ソバの適応・分化過程において塩基配列の大規模な挿入・欠出の関与の可能性は低いと考察してきた。しかしその一方でdCAPS法のための塩基配列決定時に小規模の挿入・欠出が確認されていた。そこで、より詳細に小規模の挿入・欠出を解析出来るPAGE法を用いて増幅が確認できたプライマーについて2組の交配集団母本間で多型検出を行ったところ自殖性交配母本間で6領域,他殖性交配集団母本間で7領域,自・他殖性の両方で4領域の計17領域において多型が確認された。この17領域のうち自殖性交配集団母本間および自・他殖性の両方で多型が確認された計10領域に対し自殖性交配集団のF_2を用いてマーカー化の確認を行ったところ、明瞭な分離が安定して確認されたため、これをESTマーカーとした。これによりソバの適応・分化と塩基配列の小規模な挿入・欠出が与える影響との関連について推察することが可能となった。前年度塩基配列決定時に確認された自殖性交配集団母本間での25箇所のSNP's情報をもとに、CAPS,dCAPSマーカーの設計および自殖性交配集団のF_2を用いてマーカー化の確認行ない、8箇所のSNP'sおよび14箇所のSNP'sをそれぞれ安定性の高いCAPSマーカー,dCAPSマーカーとして開発した。
さらに、既存のSSRマーカー183ペアと本研究において開発したcDNAベースマーカーとの関連を明らかにするため、cDNAベースマーカー開発時に用いた、自殖性交配集団母本間および自殖性交配集団のF_2を用いてSSRマーカーの多型・連鎖解析を行った結果、28マーカーに多型が認められ、さらに23マーカー間に連鎖が認められた。
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