2005 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノムワイド相関解析によるバセドウ病関連遺伝子の網羅的同定に関する研究
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16590903
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
小杉 眞司 京都大学, 医学研究科, 教授 (50252432)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
猪子 英俊 東海大学, 医学部, 教授 (10101932)
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| Keywords | 多因子疾患 / 疾患感受性遺伝子 / プールDNA法 / マイクロサテライト / 相関解析 / 症例対象研究 |
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| Research Abstract |
ゲノムワイドに設定した3万種類のマイクロサテライト多型マーカー(日本人集団で十分な多型が確認されたもの)を用いて、200名の血縁関係にないバセドウ病患者サンプルと、性・年齢マッチをさせた同一数の健常者コントロールサンプルによるゲノムワイド相関解析(全ての多型マーカーについてのアリル頻度の解析とcase-control間での有意差の検定)によるバセドウ病疾患感受性遺伝子坐の1次スクリーニングを行った。個々のサンプルのタイピングを行うのではなく、一サンプルあたり一定量のDNAを含むようなPooled DNAを作成して、一度にタイピングとアリル頻度計算を行い、解析の能率性・経済性を最大限に向上させることができた。網羅的同定を目指すため、アリル頻度検定の有意水準としては、P<0.05という高めを採用し、検出力を高めて疾患寄与度の低いものも同定できる戦略をとった。これで検出感度は約80%と計算される。1次スクリーニングで患者群と健常者群にアリル頻度の有意差が認められたマイクロサテライトマーカー(Fisher2x2でP<0.05)は約14%(3,566)であった。それらのマーカーに対し、全く別のバセドウ病患者200名とコントロール200名での相関解析を2次スクリーニングとして行った。これについては、約1.5%のマイクロサテライトマーカーにおいて陽性であった。2次スクリーニングでも有意差ありと判断されたマーカーについての3次以降の解析としては、まったく階層化について心配する必要がないTDT(Transmission Disequillibrium Test)による解析を行う予定である。そのために、患者と非罹患の両親の3名の検体をセットで収集しており、現在までに200セットを集めた。
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