2017 Fiscal Year Annual Research Report
次世代シーケンサーを用いた倍数性シダ類複合体の進化史解明
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16F16391
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| Research Institution | National Museum of Nature and Science, Tokyo |
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Principal Investigator |
海老原 淳 独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 研究主幹 (20435738)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
NITTA JOEL 独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 外国人特別研究員
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| Project Period (FY) |
2016-11-07 – 2019-03-31
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| Keywords | 高次倍数体 / 系統樹 / 次世代シーケンサー / 雑種 / シダ植物 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
従来のDNA解析法では、ハシゴシダ近縁種群の系統的関係を十分に改名することが困難であるため、新たなDNA解析技術（次世代シーケンサー）を用いることによって解決できると考えている。新たなDNA解析技術として、本研究では２種類の方法を用いる予定です。一つは数百から千個以上の遺伝子を解読できるシーケンスキャプチャーという方法である。この方法は古い断片化したDNAにも応用できるので、植物標本庫にある標本をDNA解析の材料として用いることができる。もう一つは10個程度の遺伝子を網羅的に長く読むパックバイオ社の次世代シーケンサーを用いた方法である。この方法は質度の高いDNAが条件であるため、植物標本をDNA材料としては使えないが、DNAを一分子ずつ長く解読できるので、微妙に違うDNAコピーを持つ高次倍数体の解析には有力である。
本年度は、5種2雑種を含む34サンプルについて、長さ約1000bpの4遺伝子領域(COP9, DUF1077, IBR3、PGIC)を増幅し、これらをパックバイオ社の次世代シーケンサーによって配列決定した。25879のCCSリードが得られ、うちクオリティチェックを通過した18751リードを解析に用いた。各サンプル内の配列多型は、概ね既知のゲノム数（倍数性）を上回らないことが確認されたが、IBR3領域については長短2つのコピーが存在し、それらのキメラやPCRエラーが本解析では排除できない結果になった。DUF1077領域についても配列のdepthが十分ではないため、残りのCOP9とPGIC領域についてネットワーク解析を行った。
シーケンスキャプチャー法については、次年度のランに使用するためののbait配列の設計を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
シーケンスキャプチャー用bait配列の設計にあたって、汎用性を高めるために一部年度を繰り越した予算執行を行ったが、結果的には順調に進捗した。
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| Strategy for Future Research Activity |
本研究の予算・研究期間では、MiSeqのランは一度しか行えないため、1度のランで満足のいく結果が得られるよう、慎重なサンプル調製・サンプル絞り込みを行う。
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Research Products
(1 results)
