2017 Fiscal Year Annual Research Report
RNA informatics for epi-transcriptome analysis
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16H02484
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (00596538)
亀田 倫史 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 主任研究員 (40415774)
阿部 洋 名古屋大学, 理学研究科, 教授 (80415067)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | RNA2次構造 / 修飾塩基 / 分子動力学 / エネルギーパラメタ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究課題は、修飾塩基を含むRNA の2 次構造情報解析技術を開発し、エピトランスクリプトーム解析のためのRNA インフォマティクス基盤技術を確立することを目的としている。重要だが従来の2 次構造予測では扱えない修飾塩基について、エネルキーパラメタを熱測定実験と自由エネルギー計算の組み合わせて同定し、様々なRNA2 次構造解析ソフトウェアに導入する。
シミュレーションの準備段階の量子化学計算、MDシミュレーションによるΔG同定 、修飾塩基エネルギパラメタの解析を行い、イノシンのエネルギーパラメタを決定した。
RNA2次構造の確率分布をより詳細に解析するためのツールとして、参照2次構造からのハミング距離ごとの構造アンサンブル中での塩基対確率を高速に計算するツールRintWを開発し、論文発表した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
量子化学計算した修飾塩基パラメタの解析を行ったところ、当初の予想に反し、既存の実験結果と一致せず、エネルギ計算を再検討する必要が生じ、研究計画よりも遅れた進捗となった。しかしながら、イノシンのエネルギーパラメタについては同定に成功し、手法の有効性が確認できた。
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| Strategy for Future Research Activity |
近年注目されているN6メチルアデノシンについてエネルギーパラメタの同定を行う。
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[Journal Article] Chemical ligation of oligonucleotides using an electrophilic phosphorothioester2017
Author(s)
Hideto Maruyama, Ryota Oikawa, Mayu Hayakawa, Shono Takamori, Yasuaki Kimura, Naoko Abe, , Genichiro Tsuji, Akira Matsuda, Satoshi Shuto, Yoshihiro Ito, Hiroshi Abe
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Journal Title
Nucleic Acids Research
Volume: 45
Pages: 7042-7048
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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