2017 Fiscal Year Annual Research Report
大量並行シークエンスを用いた多角的アプローチによる希少難治性疾患の解明
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16H05357
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| Research Institution | Yokohama City University |
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Principal Investigator |
三宅 紀子 横浜市立大学, 医学部, 准教授 (40523494)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 全エクソーム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
今年度までにAicardi症候群を54症例集積した。全エクソーム解析により、既知の疾患遺伝子に病的変異を2症例に同定したが、Aicardi症候群の原因遺伝子の同定には至っていない。エクソームのデータを用いたコピー数解析も行ったが、原因となりそうなコピー数異常の同定には至っていない。本症候群の典型例10家系の全ゲノムシークエンスを行い、現在データを解析中である。また、ロングリードシークエンサーと、ゲノム分画を併用したX染色体に特化した解析を試みたが、候補となるような構造異常は検出されていない。Galloway-Mowat 症候群は現在までに29家系を集積した。そのうちの一家系において新規疾患遺伝子候補を同定しており、機能解析により病的変異であることを確認し、現在論文を投稿予定である。関節弛緩型エーラス・ダンロス症候群24症例を集積した。全エクソーム解析のデータを用いてコピー数解析、構造異常解析を行っているが、今のところ候補となる原因の同定には至っていない。ステロイド抵抗性ネフローゼ症候群に関しては、原因未同定の症例を再解析したが、新規疾患遺伝子の同定には至っていない。新規疾患遺伝子として小児期早期発症神経変性脳症のPMPCB遺伝子（Vögtle et al., Am J Hum Genet, 2018）、乳児期発症肺胞蛋白症のOAS1遺伝子 (Cho et al., Am J Hum Genet, 2018)、習慣性流産のNOP14遺伝子 (Suzuki et al., J Hum Genet, 2018)、X連鎖性の大脳白質形成不全に脊椎・骨幹端異形成症を伴う症候群のAIFM1遺伝子 (Miyake et al., Neurogenetics, 2017) を同定した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
全エクソームで原因遺伝子同定に至らなかった解析対象疾患に関しては、積極的に全ゲノムシークエンスや、ロングリードリークエンスを用いた解析を行っており、その解析フォローも確立できている。
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| Strategy for Future Research Activity |
典型症例を集積するとともに、全エクソーム解析をベースに解析を継続する。全エクソーム解析の解析だけでは原因同定に至らない対象に関しては、全ゲノム解析、ロングリードシークエンス解析を行ったり、全エクソーム解析のデータを用いてコピー数解析等を行うなど、問題解決のためにあらゆる解析手法を用いていく。
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[Journal Article] Mutations in PMPCB Encoding the Catalytic Subunit of the Mitochondrial Presequence Protease Cause Neurodegeneration in Early Childhood2018
Author(s)
Vogtle FN, Brandl B, Larson A, Pendziwiat M, Friederich MW, White SM, Basinger A, Kucukkose C, Muhle H, Jahn JA, Keminer O, Helbig KL, Delto CF, Myketin L, Mossmann D, Burger N, Miyake N, Burnett A, van Baalen A, Lovell MA, Matsumoto N, Walsh M, Yu HC, Shinde DN, Stephani U, Van Hove JLK, Muller FJ, Helbig I.
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Journal Title
The American Journal of Human Genetics
Volume: 102
Pages: 557～573
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] De novo hotspot variants in CYFIP2 cause early-onset epileptic encephalopathy2018
Author(s)
Nakashima Mitsuko、Kato Mitsuhiro、Aoto Kazushi、Shiina Masaaki、Belal Hazrat、Mukaida Souichi、Kumada Satoko、Sato Atsushi、Zerem Ayelet、Lerman-Sagie Tally、Lev Dorit、Leong Huey Yin、Tsurusaki Yoshinori、Mizuguchi Takeshi、Miyatake Satoko、Miyake Noriko、Ogata Kazuhiro、Saitsu Hirotomo、Matsumoto Naomichi
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Journal Title
Annals of Neurology
Volume: 83
Pages: 794～806
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Loss-of-function and gain-of-function mutations in PPP3CA cause two distinct disorders2018
Author(s)
Mizuguchi T, Nakashima M, Kato M, Okamoto N, Kurahashi H, Ekhilevitch N, Shiina M, Nishimura G, Shibata T, Matsuo M, Ikeda T, Ogata K, Tsuchida N, Mitsuhashi S, Miyatake S, Takata A, Miyake N, Hata K, Kaname T, Matsubara Y, Saitsu H, Matsumoto N.
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Journal Title
Human Molecular Genetics
Volume: 27
Pages: 1421～1433
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Integrative Analyses of De Novo Mutations Provide Deeper Biological Insights into Autism Spectrum Disorder2018
Author(s)
Takata A, Miyake N, Tsurusaki Y, Fukai R, Miyatake S, Koshimizu E, Kushima I, Okada T, Morikawa M, Uno Y, Ishizuka K, Nakamura K, Tsujii M, Yoshikawa T, Toyota T, Okamoto N, Hiraki Y, Hashimoto R, Yasuda Y, Saitoh S, Ohashi K, Sakai Y, Ohga S, Hara T, Kato M, et al.
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Journal Title
Cell Reports
Volume: 22
Pages: 734～747
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Detection of copy number variations in epilepsy using exome data2018
Author(s)
Tsuchida N, Nakashima M, Kato M, Heyman E, Inui T, Haginoya K, Watanabe S, Chiyonobu T, Morimoto M, Ohta M, Kumakura A, Kubota M, others, Miyake N, Nakajima H, Saitsu H, Miyatake S, Matsumoto N.
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Journal Title
Clinical Genetics
Volume: 93
Pages: 577～587
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Novel KIAA0753 mutations extend the phenotype of skeletal ciliopathies2017
Author(s)
Hammarsjo A, Wang Z, Vaz R, Taylan F, Sedghi M, Girisha KM, Chitayat D, Neethukrishna K, Shannon P, Godoy R, Gowrishankar K, Lindstrand A, Nasiri J, Baktashian M, Newton PT, Guo L, Hofmeister W, Pettersson M, Chagin AS, Nishimura G, Yan L, Matsumoto N, Nordgren A, Miyake N, Grigelioniene G, Ikegawa S.
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Journal Title
Scientific Reports
Volume: 7
Pages: 15585
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] X-linked hypomyelination with spondylometaphyseal dysplasia (H-SMD) associated with mutations in AIFM12017
Author(s)
Miyake N, Wolf NI, Cayami FK, Crawford J, Bley A, Bulas D, Conant A, Bent SJ, Gripp KW, Hahn A, Humphray S, Kimura-Ohba S, Kingsbury Z, Lajoie BR, Lal D, Micha D, Pizzino A, Sinke RJ, Sival D, Stolte-Dijkstra I, Superti-Furga A, Ulrick N, Taft RJ, Ogata T, Ozono K, Matsumoto N, Neubauer BA, Simons C, Vanderver A.
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Journal Title
neurogenetics
Volume: 18
Pages: 185～194
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Equivalent missense variant in the FOXP2 and FOXP1 transcription factors causes distinct neurodevelopmental disorders2017
Author(s)
Sollis E, Deriziotis P, Saitsu H, Miyake N, Matsumoto N, Hoffer MJV, Ruivenkamp CAL, Alders M, Okamoto N, Bijlsma EK, Plomp AS, Fisher SE.
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Journal Title
Human Mutation
Volume: 38
Pages: 1542～1554
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Identification of novel SNORD118 mutations in seven patients with leukoencephalopathy with brain calcifications and cysts2017
Author(s)
Iwama K, Mizuguchi T, Takanashi JI, Shibayama H, Shichiji M, Ito S, Oguni H, Yamamoto T, Sekine A, Nagamine S, Ikeda Y, Nishida H, Kumada S, Yoshida T, Awaya T, Tanaka R, Chikuchi R, Niwa H, Oka YI, Miyatake S, Nakashima M, Takata A, Miyake N, Ito S, Saitsu H, Matsumoto N.
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Journal Title
Clinical Genetics
Volume: 92
Pages: 180～187
DOI
Peer Reviewed
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