2019 Fiscal Year Annual Research Report
Investigation of latent pathogenic viruses in Latin America and South-eastern Asia by virome analysis
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16H05805
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
澤 洋文 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 教授 (30292006)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大場 靖子 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 講師 (60507169)
佐々木 道仁 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 特任助教 (70609403)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | ウイルス / ゲノム / 新興・再興感染症 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、現在申請者が有している国際ネットワークを活用し、調査フィールドを線として繋げ、Virome解析手法等を用いて、新興・再興感染症の原因となる新規及び既知の病原体の分布状況を把握すること、得られた情報を既得の情報と比較することにより病原性ウイルスの分布・進化・生活環を把握することを目指す。
2018年度にボリビアのトリニダ地域で採集した蚊を用いてウイルスの探索を実施した結果同定した3種の新規フラビウイルスについて、各種培養細胞を用いて単離を試みると同時に、ウイルスゲノムの遺伝子解析、単離ウイルスの性状解析を実施した。3種の内、2種の蚊特異的ウイルス(cISF)は培養細胞を用いたウイルス単離が出来なかったため、ウイルスが検出された蚊プールのRNAを用いたNGS解析によりウイルスゲノムのほぼ全長を同定した。残る1種の新規のフラビウイルスはC6/36ヒトスジシマカ由来細胞を用いて単離に成功した。培養上清中には40 nmのウイルス粒子を電子顕微鏡で確認した。ウイルスゲノムはNGSおよびRACE法により全長を同定した。系統樹解析の結果から、新規に単離したウイルスはdual-host affiliated flaviviruses (dISFs)に属するフラビウイルスと考えられた。
ベトナムの国立衛生疫学研究所のThe Ireland Vietnam Blood Borne Virus Initiative (IVVI)と共同して、ハノイ市内で採集したメス蚊48プールから抽出したRNAを用いてフラビウイルス、ブニヤウイルス、アルファウイルスのスクリーニングおよびデング1型、チクングニヤウイルスの特異的qRT-PCRを実施した。その結果、各フラビウイルスおよびチクングニヤウイルスは検出されなかった。
インドネシアのボゴール農業大学獣医学部のSetiyono教授と共同して、ウシから抽出した核酸を用いて病原体のゲノムを検出することを試みた。
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| Research Progress Status |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(24 results)
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[Journal Article] Detection of novel orthoreovirus genomes in shrew (Crocidura hirta) and fruit bat (Rousettus aegyptiacus).2020
Author(s)
Harima H, Sasaki M, Kajihara M, Mori-Kajihara A, Hang'ombe BM, Changula K, Orba Y, Ogawa H, Simuunza M, Yoshida R, Mweene A, Takada A, Sawa H
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Journal Title
J Vet Med Sci
Volume: 82(2)
Pages: 162-167
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] West Nile Virus in Farmed Crocodiles, Zambia, 20192020
Author(s)
Simulundu E, Ndashe K, Chambaro HM, Squarre D, Reilly PM, Chitanga S, Changula K, Mukubesa AN, Ndebe J, Tembo J, Kapata N, Bates M, Sinkala Y, Hang'ombe BM, Nalubamba KS, Kajihara M, Sasaki M, Orba Y, Takada A, Sawa H.
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Journal Title
Emerg Infect Dis.
Volume: 26(4):
Pages: 811-814
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Field diagnosis and genotyping of chikungunya 1 virus using a dried reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay and MinION sequencing.2019
Author(s)
Hayashida K, Orba Y, Sequeira PC, Sugimoto C, Hall WW, Eshita Y, Suzuki Y, Runtuwene L, Brasil P, Calvet G, Rodrigues CDS, dos Santos CC, Mares-Guia MAM, Yamagshi J, de Filippis AMB, Sawa H
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Journal Title
PLoS Neg Trop Dis
Volume: 13(6)
Pages: e0007480
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Serological evidence of Zika virus infection in non-human primates in Zambia2019
Author(s)
Wastika CE, Sasaki M, Yoshii K, Anindita PD, Hang'ombe BM, Mweene AS, Kobayashi S, Kariwa H, Carr MJ, Hall WW, Eshita Y, Orba Y, Sawa H
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Journal Title
Arch Virol
Volume: 164(8)
Pages: 2165-2170
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Genetic diversity of rabies virus in different host species and geographic regions of Zambia and Zimbabwe.2019
Author(s)
Muleya W, Chambaro HM, Sasaki M, Gwenhure LF, Mwenechanya R, Kajihara M, Saasa N, Mupila Z, Mori-Kajihara A, Qiu Y, Kangwa E, Mweene A, Namangala B, Takada A, Sawa H
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Journal Title
Virus Genes
Volume: 55(5)
Pages: 713-719
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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