2016 Fiscal Year Research-status Report
ＤＮＡ分子高精度配列決定及び絶対定量技術による血中遊離ＤＮＡ解析システムの開発
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16K07157
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| Research Institution | Research Institute, Osaka Medical Center for Cancer and Cardiovascular Disaeses |
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Principal Investigator |
久木田 洋児 地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪国際がんセンター(研究所), 研究所, 主任研究員 (60372744)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 癌 / 核酸 / 腫瘍マーカー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
癌患者の血液中に含まれている癌細胞由来のDNA（ctDNA）を検出すれば、低侵襲性の方法で、腫瘍における異常遺伝子の種類を知ることができ、また複数回の採血・ctDNA量測定により、治療効果を詳細にモニタリングすることも可能である。しかし血中のDNAは微量かつ断片化しており、解析時に技術的な困難が伴うので、信頼性の高い結果を産出する解析システムの開発が必須である。本研究では、独自開発技術、非重複統合リード配列シーケンス（NOIR-SeqS）を用いて癌患者のctDNA解析に特化した高精度塩基配列決定及び絶対定量システムを開発し、そのシステムで癌患者由来の血液検体を解析し、臨床的に有用であるかを検証することを目的としている。初年度は、ctDNAから多種類の癌遺伝子領域を同時に解析でき、様々な遺伝子異常を持つ癌症例の解析に対応する改良型NOIR-SeqSの開発を進めた。NOIR-SeqSの原法では、標的配列近傍の制限酵素切断部位に分子バーコードを持つアダプターを付加していたが、改良法では断片化している遊離DNA（cfDNA）を末端処理し、それにアダプターを付加するようにした。本研究では膵癌と肺癌の患者検体を対象にするので、それぞれに、７～８の癌関連遺伝子の突然変異ホットスポット部位を標的とした遺伝子パネルを設計した。血液1 mL相当のcfDNAを使い、1反応あたり１９～２６ヶ所のマルチプレックス増幅反応を行うようにし、両癌患者検体について、血液2mL相当のcfDNAから約５ kb（配列方向の違いによる重複を含む）を測定するシーケンスライブラリーを調整する方法を確立した。現在、膵癌検体を使い、改良型NOIR-SeqSの臨床検体における性能評価を行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
予定通りに改良型NOIR-SeqSが開発でき、臨床検体を使用した性能評価を開始できているので。
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| Strategy for Future Research Activity |
膵癌及び肺癌患者検体を使い、改良型NOIR-SeqSの臨床的有用性（癌患者のスクリーニング検査への利用や治療時の詳細なモニタリングによる治療効果判定に利用可能であるか、など）を検証する。
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| Causes of Carryover |
当初の計画に比べて一部効率的に使用できたので残額が発生した。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
今後は臨床検体のシーケンスを行っていくので、繰越額全額はシーケンス費用を含む「物品費」に併せて使用する予定である。また、研究成果を公表するための論文投稿料が該当する「その他の費目」としての使用も計画している。
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