2018 Fiscal Year Annual Research Report
Development of Genetic Diversity Evaluation System for The Endangered Avian Species, The Japanese Crested Ibis in Japan
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16K08084
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
谷口 幸雄 京都大学, 農学研究科, 准教授 (10252496)
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2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 希少動物の保全 / 遺伝的多様性 / トキ / マーカー型判定法 / 次世代シークエンサー / マルチプレックスPCR / SNP / マイクロサテライト |
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| Outline of Annual Research Achievements |
希少動物であるトキの保全においては、個体数の増加を図るとともに、集団の遺伝的多様性を把握し維持することが求められており、そのためには数百程度のDNA多型マーカーを簡便かつ低コストでタイピングする手法の確立が必須である。我々は、日本トキ集団の始祖個体を対象に次世代シークエンサー(NGS)を利用した解析を実施し、5万を超えるDNA多型マーカー候補を検出している。本課題では、これらの候補から日本トキ集団に有効なマーカーを選抜するとともに、マルチプレックスPCRとNGSを用いた中規模のマーカー型判定法の開発を試みた。
これまでに選抜された172マーカーについて、3世代の家系(父方祖父母、父母および子の計5羽)のゲノムDNAサンプルを用いてタイピングを実施し、親子間での各マーカーの遺伝様式について検討した。タイピングデータの解析から、各マーカーはメンデル遺伝に従うことが確認された。さらに、マーカー数200以上を確保するために追加した80個のプライマーペアについて、40プライマーペア混合でのマルチプレックスPCR×2反応の条件でサンプルを調製し、NGSによるマーカー型判定を実施した結果、71プライマーペアは有効なマーカーであると推察された。
全マーカーを用いたタイピングも試みたが、サンプル調製にミスがあり、必要なデータを得ることができなかった。再度データの取得を進めているが、年度内に結果を得るまでに至らなかった。
結論として、日本トキ集団に有効な200以上のマーカーを選抜し、これらを用いたマルチプレックスPCR/NGS法によるタイピングが実行可能であり、タイピングデータに基づいて個体識別や親子鑑定が可能であることが示唆された。しかし、より効率的かつ低コストでのマーカー型判定を実現するためには、マルチプレックスPCRやNGSライブラリー調製の条件をさらに検討する必要があると考えられた。
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