2017 Fiscal Year Research-status Report
網羅的発現解析を応用した膠原病の疾患関連パスウェイおよびｌｎｃＲＮＡの探索
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16K09886
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
川崎 綾 筑波大学, 医学医療系, 助教 (30532816)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | SLE / ANCA関連血管炎 / 疾患感受性 / lncRNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
全身性エリテマトーデス (SLE) 8例、ANCA関連血管炎 (AAV) 8例、健常対照者 14例のマイクロアレイ解析より取得した末梢血RNA発現データをもとに、SLEおよびAAVと関連するパスウェイ、遺伝子、long non-coding RNA (lncRNA)の探索を行っている。
SLEでは、インターフェロン (IFN)誘導遺伝子の発現増加が報告されており、われわれのデータにおいても確認されている。一方AAV関連パスウェイは未だ同定されていない。パスウェイ解析ソフト Ingenuity Pathway AnalysisにてAAVのパスウェイ解析を行ったところ、T細胞シグナルに関わるパスウェイが複数検出された。
一部のlncRNAにおいて免疫系への寄与が示唆されていることから、lncRNAとSLE、AAVの関連について解析を進めている。lncRNAの発現データを用いてクラスター解析を行ったところ、SLE、AAV、健常者で異なるクラスターに分かれた。このことからlncRNAがSLE、AAVと関連することが示唆された。発現変動が認められたlncRNA (fold change│2│以上,補正後P<0.01)は、SLEでは増加25個、減少63個、AAVでは増加33個、減少24個であった。SLE、AAVで共通していたlncRNAは、増加が6個、減少が1個であった。これらの発現変動lncRNAのSLE、AAV疾患感受性への寄与を調べるために、lncRNAの発現と関連するeQTL SNPおよび lncRNA近傍の転写調節領域に位置するSNPを対象とした疾患関連研究を施行することとした。SLEでは25個、AAVでは20個のlncRNAから各疾患96個のSNPを選択した。現在、これらのSNPと疾患との関連を解析中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
関連解析を行う候補SNPの選択に時間を要した。またSNPタイピングに用いるプライマー、プローブの設計に時間がかかった。これらの理由により、29年度内にSLE、AAV関連SNPの検出まで至らなかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在、DigiTag法によりSLE 388例、AAV 453例のlncRNA 96SNPの遺伝子型タイピングを施行中である。タイピング終了後、関連解析により疾患関連SNPの検出を行う。見出された関連SNPについて、SLE 450例、健常対照群 850例の遺伝子型タイピングを行い、関連の確認を行う。AAVについては、現在追加サンプルを収集中であり、サンプルが集まり次第、SLEと同様にreplication studyを行う。さらに関連が確認されたSNP周辺領域のfine mappingを行い、一義的なSLE、AAV疾患感受性SNPの同定を試みる。
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| Causes of Carryover |
（理由）29年度は、各疾患96SNPの解析を終え、関連が見出されたSNPについて独立のサンプルを用いてreplication studyを行う予定であったが、replication studyまで到達しなかったため残額が生じた。
（使用計画）Replication study用のSNP解析試薬の購入に使用する。
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[Journal Article] Association of ETS1 polymorphism with granulomatosis with polyangiitis and proteinase 3-anti-neutrophil cytoplasmic antibody positive vasculitis in a Japanese population2018
Author(s)
A Kawasaki, K Yamashita, F Hirano, KE Sada, D Tsukui, Y Kondo, Y Kimura, K Asako, S Kobayashi, H Yamada, H Furukawa, K Nagasaka, T Sugihara, K Yamagata, T Sumida, S Tohma, H Kono, S Ozaki, S Matsuo, H Hashimoto, H Makino, Y Arimura, M Harigai, N Tsuchiya
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Journal Title
Journal of Human Genetics
Volume: 63
Pages: 55-62
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Association of ETS1 Polymorphism in 3’ Untranslated Region with Susceptibility to Granulomatosis with Polyangiitis and Proteinase 3-ANCA Positive Vasculitis in a Japanese Population.2017
Author(s)
A Kawasaki, K Yamashita, F Hirano, KE Sada, D Tsukui, Y Kondo, Y Kimura, K Asako, S Kobayashi, H Yamada, H Furukawa, K Nagasaka, T Sugihara, K Yamagata, T Sumida, S Tohma, H Kono, S Ozaki, S Matsuo, H Hashimoto, H Makino, Y Arimura, M Harigai, N Tsuchiya
Organizer
2017 ACR/ARHP Annual Meeting
Int'l Joint Research
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