2018 Fiscal Year Annual Research Report
Exploration of disease associated pathway and lncRNA in connective tissue diseases by a comprehensive expression analysis
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16K09886
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
川崎 綾 筑波大学, 医学医療系, 助教 (30532816)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | ANCA関連血管炎 / non-coding RNA / 疾患感受性遺伝子 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ANCA関連血管炎(AAV)や全身性エリテマトーデス (SLE)は遺伝要因と環境要因により発症に至る多因子疾患であり、まだ未同定の疾患感受性遺伝子が多数存在する。本研究では、AAVおよびSLEを対象とした発現解析による発現変動遺伝子の検出、さらに、検出された遺伝子の発現を変化させうるSNPを候補とした疾患関連研究により、新規SLE・AAV疾患感受性関連遺伝子の同定を試みた。
2018年度は、AAV 8例、SLE 8例、健常対照者 14例のマイクロアレイ解析より取得した末梢血RNA発現データを用いて、long non-coding RNA (lncRNA)に着目して解析を行った。発現データの取得には、SurePrint G3 Human GE microarrayを用いた。
AAV群、SLE群と健常群でlncRNAの発現レベルを比較したところ、健常群との比較において、AAVで20個、SLEで25個のlncRNAで発現変動（|Fold change| > 2、補正後P値<0.01）が認められた。これらのlncRNAについて、データベース解析により発現と関連するSNP (eQTL SNP)および発現制御領域に位置するSNPを各疾患について96個選択し、AAVおよびSLE疾患感受性との関連を調べた。
lncRNA ATP6V0E2-AS1の発現は、顕微鏡的多発血管炎(MPA)群において有意に低下していた(Fold change -4.4)。さらに疾患関連研究では、ATP6V0E2-AS1遺伝子の近傍に位置し、遺伝子発現制御領域に位置するSNPにおいて、MPA(補正後P=0.010、オッズ比1.36)およびMPO-ANCA陽性血管炎(補正後P=0.0029、オッズ比1.41)との有意な関連が検出された。一方、SLEにおいては、lncRNA関連SNPとの有意な関連は検出されなかった。
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[Presentation] Detection of Association of Long Noncoding RNA ATP6V0E2-AS1 Single Nucleotide Polymorphism with Susceptibility to Myeloperoxidase-ANCA Associated Vasculitis Based on Transcriptome Analysis2018
Author(s)
Y Iwahashi, A Kawasaki, T Tsuchiura, KE Sada, F Hirano, D Tsukui, S Kobayashi, H Yamada, H Furukawa, K Nagasaka, T Sugihara, N Nishida, K Yamagata, T Sumida, S Tohma, S Ozaki, H Hashimoto, H Makino, Y Arimura, H Kono, M Harigai, N Tsuchiya
Organizer
2018 ACR/ARHP Annual Meeting
Int'l Joint Research
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