単一細胞解析のための, 全ゲノム増幅技術の最適化の研究

2018 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 16K11106
• Research Institution: Keio University
• Principal Investigator: 佐藤 卓 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 助教 (40383898)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: 着床前遺伝子診断 / 単一細胞解析

Outline of Annual Research Achievements

着床前遺伝子診断のための, 単一細胞解析に向けた全ゲノム増幅技術(whole genome amplification: WGA)の最適化のため検討行った.
利用可能な市販の各種WGAを使用し, 遺伝的状態が既知である単一遺伝子疾患の患者由来の株化リンパ球の1細胞を用いて遺伝子抽出および全ゲノム増幅を実施し, 増幅産物に対して既知の遺伝子変異と, 変異に近接する遺伝子多型に対する部位特異的PCRを実施し, WGAにおける増幅失敗率およびアレルドロップアウトの発生率について算出した.

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

概ね順調に進展しているが, さらに検討すべき課題が明らかとなっているため.

Strategy for Future Research Activity

さらに, 各種WGA法による増幅バイアスについて, 検討を重ねていく予定である.

Causes of Carryover

2018年度に, 各種全ゲノム増幅技術(WGA)を用いた単一細胞由来DNA増幅を行った際の, 増幅成功率・失敗率およびアリルドロップアウト率の算出を行い, 関連学会で発表する予定であったが, さらに計画を変更し, さらにマイクロアレイを用いた各種WGAの増幅遺伝子座のカバー率の解析を行うこととした. この解析結果を合わせて, 研究報告の発表を次年度に行うこととし, 未使用額をこれに充当したい.