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2006 Fiscal Year Annual Research Report

知識処理技術を用いた生命システムの再構築とその解析

Research Project

Project/Area Number 17017002
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

高木 利久  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30110836)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 辻井 潤一  東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 教授 (20026313)
中谷 明弘  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教授 (60301149)
Keywordsオントロジー / 機能解析 / パスウエイデータベース / テキストからの情報抽出 / 自然言語処理 / QTL解析 / 知識発見 / 文献クラスタリング
Research Abstract

生命をシステムとして理解するために、本研究では次の3つのテーマについて研究を展開した。
(a)表現型情報と種々のゲノム情報の統合および知識発見技術の開発によるシステムの構造解明、(b)医学・生物学文献からの概念およびその関係性の抽出技術と利用技術の開発、(c)複雑な生物知識の表現法および推論法の開発
平成18年度のおもな成果は以下の通りである。
(a)文献から抽出した図表の閲覧システムを構築し、人手によって約250報、1900件余の図表データの収集を行った。さらにFlybaseの持つ統制語彙を母体として図表データに対する遺伝子型・表現型のアノテーション環境を構築した。破壊株表現型プロファイル解析に関しては、遺伝子破壊による表現型値のプロファイルをクラスタリンングするシステムを開発した。QTL解析に関しては、二次元化した区間マッピングを行うシステムの開発を継続した。
(b)疾患名やパスウエイ名辞書の整備とともに、遺伝子-疾患情報の情報抽出技術を開発した。以前より開発中の知識発見支援システムに会話的に実験解釈を行える機能を強化した。また、パスウェイ図の自動分類技術の開発および原核生物の遺伝子名称の辞書を構築し、メタゲノムをターゲットとした文献ベースのアノテーションシステムのプロトタイプを作成した。また、文献のクラスタリング、ラベリング、センテンス抽出機能の実装およびウェブサービスの公開を行った。あわせて生物学者による評価を行い、有用性を確認した。
(c)利用者が指定した質問・探索条件に基づいて、蛋白質問相互作用などからパスウエイ情報を複数の種について抽出するシステムを構築した。また、複数の遺伝子ネットワークで共通した部分構造の抽出手法、アミノ酸配列類似性情報からオーソロジー情報を抽出する手法の開発を行った。

  • Research Products

    (10 results)

All 2007 2006

All Journal Article (10 results)

  • [Journal Article] Biomedical knowledge navigation by literature clustering2007

    • Author(s)
      Yamamoto, Y., (Takagi, T.)
    • Journal Title

      Journal of Biomedical Informatices 40 (2)

      Pages: 114-130

  • [Journal Article] Knowledge discovery based on an implicit and explicit conceptual network2007

    • Author(s)
      Koike, A., (Takagi, T.)
    • Journal Title

      J. Am. Soc. Info. Sci. Tech. 58 (1)

      Pages: 51-65

  • [Journal Article] Improving the performance of an SVM-based method for predicting protein-protein interactions2006

    • Author(s)
      Dohkan, S., (Takagi, T.)
    • Journal Title

      In Silico Biol. 6

      Pages: 0048

  • [Journal Article] MetaGene : prokaryotic gene finding from environmental genome shotgum sequences2006

    • Author(s)
      Noguchi, H., (Takagi, T.)
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res. 34 (19)

      Pages: 5623-5630

  • [Journal Article] Extraction of gene-disease relations from medline using domain dictionaries and machine learning2006

    • Author(s)
      Chun Hong-woo, (Tsujii, J.)
    • Journal Title

      The Pacific Symposium on Biocomputing (PSB)

      Pages: 4-15

  • [Journal Article] Linguistic and biological annotations of biological interaction events2006

    • Author(s)
      Ohta, T., (Tsujii, J.)
    • Journal Title

      In the Proc. of The Fifth International Conference on Language Resource and Evaluation (LREC 2006)

      Pages: 1405-1408

  • [Journal Article] Subdomain adaptation of a POS tagger with a small corpus2006

    • Author(s)
      Tateisi, Y., (Tsjii, J.)
    • Journal Title

      In the Proc. of the HLT-NAACL BioNLP Workshop on Linking Natural Language and Biology

      Pages: 136-137

  • [Journal Article] Semantic retrieval for the accurate identification of relational concepts in massive textbases2006

    • Author(s)
      Miyao, Y., (Tsujii, J.)
    • Journal Title

      In the Proc. of COLING-ACL 2006

      Pages: 1017-1024

  • [Journal Article] An intelligent search engine and GUI-based efficient MEDLINE search tool based on deep syntactic parsing2006

    • Author(s)
      Ohta, T., (Tsujii, J.)
    • Journal Title

      In the Proc. of the COLING/ACL 2006 Interactive Presentation Sessions

      Pages: 17-20

  • [Journal Article] Automatic construction of predicate-argument structure patterns for biomedical information extraction2006

    • Author(s)
      Yakushiji, A., (Tsujii, J.)
    • Journal Title

      In the Proc. of the 2006 Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing

      Pages: 284-292

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Published: 2008-05-08   Modified: 2016-04-21  

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