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2009 Fiscal Year Annual Research Report

下等植物の進化・多様性に関するゲノム研究

Research Project

Project/Area Number 17018020
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

福澤 秀哉  京都大学, 生命科学研究科, 教授 (30183924)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 長谷部 光泰  京都大学, 基礎生物学研究所・生物進化研究部門, 教授 (40237996)
河内 孝之  京都大学, 生命科学研究科, 教授 (40202056)
大和 勝幸  近畿大学, 生物理工学部, 准教授 (50293915)
日渡 祐二  京都大学, 基礎生物学研究所・生物進化研究部門, 助教 (10373193)
Keywords光合成 / 環境応答 / 生殖 / 緑藻 / 苔類 / 蘚類 / ゲノム / 次世代シーケンサー
Research Abstract

植物に特徴的な諸機能(光合成環境応答/生殖/形態形成)の進化と多様性を理解する為に、緑藻クラミドモナス・苔類ゼニゴケ・蘚類ヒメツリガネゴケに着目し,以下の点を明らかにした。(1)クラミドモナス雄株(C-9株,mt-)ゲノムBAC(1万)及びFOSMID(23,000)の両末端配列を決定し、Scaffold間の連結を明らかにした.17本の染色体にアセンブルされなかった71個のScaffold中20個のScaffoldについて染色体上の位置を決定した。雄株特異的染色体領域約160kbの配列を決定し,新たな性特異的遺伝子を同定した。完全長cDNA・EST情報・遺伝子モデル・SOLEXAデータをゲノム上に表示し,検索可能なデータベースKCGDを構築した。CO2と光環境に応答するLCIBならびに転写調節因子LCR1のターゲット遺伝子LCI1の機能を明らかにした。(2)ゼニゴケ雄株Tak-1由来完全長cDNAを用いてEST情報を新たに6,567件取得した。この情報から雄株Tak-1株と雌株Kit-2株間の多型(性染色体に由来するものを除く)を探索し、113個のSNPs/SSRsマーカーを作成し連鎖解析を行ったところ、110個のマーカーから常染色体数と一致する8個の連鎖群が得らた。PACクローンの配列から,100 kb毎に約7個の遺伝子が存在した。(3)ヒメツリガネゴケでは、25万のEST・完全長cDNA全長配列、5'SAGEデータ、3'UTR配列・SOLiD発現データ、ChIP-seqデータを同時に閲覧できるデータベースを構築した。X8のBACゲノムライブラリー作成とその末端配列決定による再アセンブルを行った。イヌカタヒバ、クラミドモナスなどのゲノムデータを取り入れ、約700の発生関連遺伝子の系統解析を行い、陸上植物の発生遺伝子の進化傾向を推定した。

  • Research Products

    (9 results)

All 2010 2009 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Expression of a low-CO2-inducible protein, LCI1, increases inorganic carbon uptake in the green alga Chlamydomonas reinhardtii.2010

    • Author(s)
      Ohnishi N, Mukherjee B, Tsujikawa T, Yanase M, Nakano H, Moroney JV, Fukuzawa H
    • Journal Title

      Plant Cell

      Volume: 22 Pages: 3105-3117

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Light and low-CO2 dependent LCIB/LCIC complex localization in the chloroplast supports the carbon-concentrating mechanism in Chlamydomonas reinhardtii.2010

    • Author(s)
      Yamano T, Tsujikawa T, Hatano K, Ozawa S, Takahashi Y, Fukuzawa H
    • Journal Title

      Plant Cell Physiol.

      Volume: 50 Pages: 572-583

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Carbon-concentrating mechanism in a green alga, Chlamydomonas reinhardtii, revealed by transcriptome analyses.2009

    • Author(s)
      Yamano T, Fukuzawa H
    • Journal Title

      J Basic Microbiol.

      Volume: 49 Pages: 42-51

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Chlamydomonas hatching enzyme, Sporangin, is expressed in specific phases of the cell cycle and is localized to the flagella of daughter cells within the sporangial cell wall.2009

    • Author(s)
      Kubo T, Kaida S, Abe J, Saito T, Fukuzawa H, Matsuda Y
    • Journal Title

      Plant Cell Physiol.

      Volume: 50 Pages: 572-583

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A polycomb repressive complex 2 gene regulates apogamy and gives evolutionary insights into early land plant evolution2009

    • Author(s)
      Okano Y, Aono N, Hiwatashi Y, Murata T, Nishiyama T, Ishikawa T, Kubo M, Hasebe M
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA

      Volume: 106 Pages: 16321-16326

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 緑藻におけるCO2輸送機構とゲノム応答2010

    • Author(s)
      福澤秀哉
    • Organizer
      第51回日本植物生理学会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県)(招待講演)
    • Year and Date
      2010-03-22
  • [Presentation] 緑藻クラミドモナスのストレス応答をゲノムで見る:次世代シーケンサーを用いたゲノム発現データベースの構築2010

    • Author(s)
      福澤秀哉, 久保雄昭, 大和勝幸, 鈴木穣, 菅野純夫, 伊藤武彦, 谷口丈晃, 黒木陽子, 他
    • Organizer
      第51回日本植物生理学会
    • Place of Presentation
      熊本大学黒髪キャンパス(熊本県)
    • Year and Date
      2010-03-20
  • [Presentation] Structure and function of CCM1 complex controling CO2-concentrating mechanism in a green alga, Chlamydomonas reinhardtii2009

    • Author(s)
      Fukuzawa H, Yamahara Y, Nakano H, Ozawa S, Takahashi Y
    • Organizer
      第9回国際藻類学会
    • Place of Presentation
      オリンピック記念青少年総合センター(東京都)
    • Year and Date
      2009-08-04
  • [Remarks]

    • URL

      www.lif.kyoto-u.ac.jp/labs/molecule/

URL: 

Published: 2012-07-19  

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