2008 Fiscal Year Annual Research Report
完全長cDNAライブラリーを利用したトランスクリプトーム解析と技術開発
| Project/Area Number |
17020002
|
|---|
| Research Institution | The University of Tokyo |
|---|
Principal Investigator |
菅野 純夫 The University of Tokyo, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (60162848)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
橋本 真一 東京大学, 大学院・医学系研究科, 助教 (00313099)
中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
|
|---|
| Keywords | ゲノム / 発現制御 / バイオテクノロジー / 蛋白質 / 生体分子 |
|---|
| Research Abstract |
現在までに、特定領域研究「比較ゲノム」の班員より、RNAの提供を受け、完全長cDNAライブラリー、5'端濃縮ライブラリーを作製し、5'端ESTの決定を行った。大規模EST配列決定は大量DNAシーケンス支援班と連携しておこなった。対象生物は、ヒメツリガネゴケ、シャジクモ、ミカヅキモ、アイメリア、バベシア、エキノコッカス、トキソプラズマ、タテエリベンモウチュウであった。
また、2007年度に開発に成功している5'-end Solexa法の確立と、使用RNAの微量化行い、転写開始点決定を、ヒト31種、メダカ5種について行った。これらの成果の一部はわれわれの開発した転写開始点データベースDBTSS(http://dbtss.hgc.jp/)にて公開をした。
さらに、新型シークエンサーを使用したcDNA全長配列決定法を開発した。それを用い、ホヤ、寄生虫、メダカなどについて約2万のcDNAクローンの全長配列決定を行った。決定効率は87%以上であり、従来型のシークエンサーと組み合わせることで大幅なコストの削減が可能である。
さらに、次世代シークエンサーを用いた配列解析について、RNAの全長を読むwhole-transcriptomeやDNA結合部位を同定するChip-Seq、エピゲノム解析に必須のバイサルフェートseqなどの開発を行い、バクテリア、ヒト、マウス等につき、whole-transcriptomeやChip-Seqを行った。
|
