2009 Fiscal Year Annual Research Report
完全長cDNAライブラリーを利用したトランスクリプトーム解析と技術開発
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17020002
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
菅野 純夫 The University of Tokyo, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (60162848)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
橋本 真一 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 特任准教授 (00313099)
中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
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| Keywords | ゲノム / 発現制御 / バイオテクノロジー / 蛋白質 / 生体分子 |
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| Research Abstract |
イルミナ社の次世代シークエンサーを用いたトランスクリプトーム解析について、いくつかの方法論的開発を行つた。1)オリゴキャップしたcDNAを次世代シークエンサーを用いて配列決定することにより、数日のうちに数千万の転写開始点を決定する方法を開発した。2)クロマチン免疫沈降したDNAサンプルを次世代シークエンスで配列決定するChip-Seq法のプロトコールを確立した。3)1000クローン程度のクローンDNAを混ぜてショットガンシークエンスを行うことにより、安価迅速に全長配列を決定する方法を開発した。
このように開発した方法を用いて、
1)現在までに、種々のヒト培養細胞の5'tagを、約50種類の細胞について様々な培養条件での、ゲノムワイドプロモーター使用頻度解析を行った。合計で、約4億tag得ている。特に、特定の遺伝子に属するtag数が遺伝子発現レベルと相関することを確認し本法が遺伝子発現解析ツールとしても使用できることを示した。また、2)約8万のcDNAクローンの配列決定を行った。
さらに、1)について、約1億tagを用い得られた各の転写開始点データについて、必要なプラットフォームの整備を行ったうえ、DBTSSを通じて公開した。情報解析では、新型シークエンサーによる5'SAGEタグ解析システムを作成し、メダカゲノムプロジェクトに利用した。
支援については完全長cDNAライブラリー6種、RNA-seq用を10種類作製した。次世代シ・クエンサーによるゲノムショットガン11種類行った。
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