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2008 Fiscal Year Annual Research Report

ナノ・バイオ物質における形状と機能の量子デザイン

Research Project

Project/Area Number 17064002
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

押山 淳  The University of Tokyo, 大学院・工学系研究科, 教授 (80143361)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 白石 賢二  筑波大学, 数理物質科学研究科, 教授 (20334039)
山内 淳  慶応義塾大学, 理工学部, 専任講師 (90383984)
Keywords量子力学 / 計算科学 / 密度汎関数理論 / ナノ構造
Research Abstract

量子力学の第一原理に立脚した計算科学的手法により、ナノスケールでの現象に内在するミクロな機構を解明し、それに基づいたナノ構造作成の指針、新物性・新機能を提示するのが、本研究課題の目的である。平成20年度には、主に、以下の4点についての進捗があった。〔1〕実空間密度汎関数法の開発と応用 : 前年度までに実空間密度汎関数法コードを並列アーキテクチャ上でチューニングした。これにより、直径7.6nmのSi量子ドットの電子状態計算が今年度実行された。ドットには、10, 701Si原子と端を覆う1, 996水素原子が含まれており、これは世界最大規模のDFT電子状態計算である。これにより、イオン化エネルギーと電子親和力から導かれる物質の第一励起エネルギーを計算した。シリコン結晶を例にとり、実験値、一電子エネルギー差から求められる値との差異を明らかにした。〔2〕窒化物半導体の原子空孔が引き起こす強磁性の予測 : GaN、InN、AINなどの窒化物半導体は、光デバイスの基幹材料であるが、近年スピントロニクス材料としても有望視されている。今回、電子相関の効果を積極的に取り入れたDFT+Uの手法によりGdドープGaNの電子状態を計算し, カチオン空孔自身がスピン偏極し(空孔あたり3ボア磁子)それがGd原子と強磁性的に結合し、全体で13ボア磁子のスピンが偏極することが見出された。さらにカチオン空孔の数を増やしていくと、エネルギー的に最も安定な状態は、すべてのスピンが強磁性的に結合した状態であることが判明した。〔3〕Si薄膜における電子有効質量異常 : 歪半導体ナノ構造における歪起因のバンド構造変化におよぼす影響についてDFT計算を行った。これにより、最低エネルギー準位のバンドに関して、閉じ込め厚さの関数として谷の移動量、曲率の変化等が、半定量的に予測できることを示した。〔4〕炭素ナノ系でのDFT計算 : ナノ構造で重要になるキャパシターについて、炭素ナノチューブを例にとり、電子密度の漏れによるキャパシタンス増強効果、状態密度の特異性によるバイアス電圧依存性をDFT計算で明らかにした。

  • Research Products

    (51 results)

All 2009 2008

All Journal Article (22 results) (of which Peer Reviewed: 22 results) Presentation (29 results)

  • [Journal Article] Effects of Hydrogen-Bonding Environments on Protonation States around the Entrance of Proton Transfer Pathways in Cytochrome c Oxidase, AIP conference proceedings "Theory and Application of Computational Chemistry"2009

    • Author(s)
      K.Kamiya, Y. Shigeta, A. Oshiyama
    • Journal Title

      AIP Conference Proceedings 1102

      Pages: 257

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Diameter-Dependent Band Gap Modification of Single-Walled Carbon Nanotubes by Encapsulated Fullerenes2009

    • Author(s)
      S.Okubo, T. Okazaki, N. Kishi, T. Nakanishi, S. Okada and S. Iiiima
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry C 113

      Pages: 571-575

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Electronic properties of a carbon nanotube in a field-effect transistor structure : A first-principles study2009

    • Author(s)
      K. Uchida and S. Okada
    • Journal Title

      Physical Review B 79

      Pages: 085402

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] First-Prinicple Study on In-related Nitride" Smiconductors2009

    • Author(s)
      T. Obata, J.-I. Iwata, K. Shiraishi and A. Oshiyama
    • Journal Title

      J. Cryst. Growth (印刷中)(掲載確定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Qualitative prediction of conduction band valley profile in silicon thin films from bulk properties by density functional k.p perturbation theory2009

    • Author(s)
      J. Yamauchi
    • Journal Title

      J. of Computational and Theoretical Nanoscience (印刷中)(掲載確定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] First principles studies on In-related nitride semiconductors2009

    • Author(s)
      T. Obata, J-I. Iwata, K. Shiraishi and A. Oshiyama
    • Journal Title

      J. Cryst. Growth (印刷中)(掲載確定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Significant Change in Electronic Structures of Heme Upon Reduction by Strong Coulomb Repulsion between Fe $d$ Electrons2009

    • Author(s)
      K. Kamiya, S. Yamamoto, K. Shiraishi and A. Oshiyama
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry B (印刷中)(掲載確定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A new crystalline phase of four-fold coordinated silicon and gremanium2008

    • Author(s)
      Y. Fujimoto, T. Koretsune, S. Saito, T. Miyake, and A. Oshiyama
    • Journal Title

      New Journal of Physics 10

      Pages: 083001

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Possible proton transfer mechanism through peptide groups in the H-pathway of the bovine cytochrome c oxidas2008

    • Author(s)
      K. Kamiya, M. Boero, M. Tateno, K. Shiraishi and A. Oshiyama
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta-Bioenergetics 1777

      Pages: S72

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Energetics of Carbon Peapods : Radial deformation of nanotubes and aggregation of encapsulated C602008

    • Author(s)
      S. Okada
    • Journal Title

      Physical Review B 77

      Pages: 235419

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Topologically Induced Surface Electron State on Si(111) Surfaces2008

    • Author(s)
      Y. Takagi and S. Okada
    • Journal Title

      Surface Science 602

      Pages: 2876-2879

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantum Effects of Capacitance in Nano-Scale Devices2008

    • Author(s)
      K. Uchida
    • Journal Title

      ECS Transactions 13

      Pages: 51-56

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Optical Bandgap Modulation of Single-Walled Carbon Nanotubes by Encapsulated Fullerenes2008

    • Author(s)
      T. Okazaki, S. Okubo, T. Nakanishi, T. Saito, M. Otani, S. Okada
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society 130

      Pages: 4122-4128

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural origin of copper ion containing artificial DNA : a density functional study2008

    • Author(s)
      T. Matsui, H. Miyachi, T. Sato, Y. Shigeta and K. Hirao
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry B 112

      Pages: 16960-16965

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Intrinsic ferromagnetism due to cation vacancies in Gd-doped GaN : First-principles calculations2008

    • Author(s)
      Y. Gohda and A. Oshiyama
    • Journal Title

      Physical Review B 78

      Pages: 161201

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effective Mass Anomalies in Strained-Si Thin Films and Crystals2008

    • Author(s)
      J. Yamauchi
    • Journal Title

      IEEE Electron Device Letters 29

      Pages: 186-188

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Carbon Alloy Catalysts : Active Sites for Oxygen Reduction Reaction2008

    • Author(s)
      T. lkeda, M. Boero, S. Huang, K.Terakura, M.Oshima, and .J Ozaki
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry C 112

      Pages: 14706-14709

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dissociation of of water molecule at three-fold oxygen coordinated V site on the InVO_4 (001) surface2008

    • Author(s)
      M. Oshikiri, M. Boero, A. Matsushita and J. Ye
    • Journal Title

      Applied Surface Science 255

      Pages: 679-681

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Atomic and Electronic Structures of Divacancy in Carbon Nanotubes2008

    • Author(s)
      S. Berber and A. Oshiyama
    • Journal Title

      Physical Review B 77

      Pages: 165405

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 'Chemical Controllability of Charge States of Nitrogen-Related Defects in HfO$_x$N$ y$ : First-Principles Calculations2008

    • Author(s)
      N. Umezawa, K. Shiraishi, Y. Akasaka, A. Oshiyama, S. Inumiya, S. Miyazaki, K. Ohmori, T. Chikyow, T. Ohno_ K. Yamahe. Y. Nara.
    • Journal Title

      Physical Review B 77

      Pages: 165130

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Generation of Acceptor Levels in Ge by the Uniaxial Strain-A Theoretical Approach-2008

    • Author(s)
      K. Takai, K. Shiraishi and A. Oshiyama
    • Journal Title

      ECS Trans 16

      Pages: 261-266

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] トリコンナノ構造の第一原理計算 : 有効質量異常の発現2008

    • Author(s)
      山内淳
    • Journal Title

      固体物理 43

      Pages: 289-296

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Real-Space Density-Functional-Theory Scheme and its Application to Large Systems2009

    • Author(s)
      A. Oshiyama
    • Organizer
      Supercomputing in Solid State Physics
    • Place of Presentation
      Kashiwa, Chiba
    • Year and Date
      20090216-19
  • [Presentation] Cation Vacancies in Nitride Semiconductors : A Possibility of Intrinsic Ferromagnetism2009

    • Author(s)
      A. Oshiyama
    • Organizer
      JST-DFG Workshop on Nanoelectronics
    • Place of Presentation
      Kyoto
    • Year and Date
      20090121-23
  • [Presentation] ナノ構造体の面日さ・電子論による機能探索「ポストスケーリング時代をデバイス・物性物理から斬る-これが半導体デバイスの未来像だ2009

    • Author(s)
      押山淳
    • Organizer
      第56会応用物理学関係連合講演会シンポジウム
    • Place of Presentation
      筑波大学
    • Year and Date
      2009-03-30
  • [Presentation] 蛋白質の立体構造・電子状態・生物機能の間の相関関係の研究2009

    • Author(s)
      神谷克政、重田育照、マウロボエロ、白石賢二、押山淳
    • Organizer
      第64回日本物理学会年次大会
    • Place of Presentation
      立教大学
    • Year and Date
      2009-03-28
  • [Presentation] Energetics of Nanographite : Edge Geometries and Electronic Structure2008

    • Author(s)
      S. Okada
    • Organizer
      9th Int Conf on the Science and Application of Nanotubes (NT08)
    • Place of Presentation
      Montpellier
    • Year and Date
      20080629-0704
  • [Presentation] Mechanical-Tearing Simulations of Graphene for the Validation of Favorable Atomic Edge Structures2008

    • Author(s)
      T. Kawai, S. Okada and Y. Miyamot
    • Organizer
      9th Int Conf on the Science and Application of Nanotubes (NT08)
    • Place of Presentation
      Montpellier
    • Year and Date
      20080629-0704
  • [Presentation] Electric-field induced semiconductor-metal transition of bilayer graphene2008

    • Author(s)
      M. Otani and S. Okada
    • Organizer
      th Int Conf on the Science and Application of Nanotubes (NT08)
    • Place of Presentation
      Montpellier
    • Year and Date
      20080629-0704
  • [Presentation] Large-scale Density-Functional Calculations using Real-Space Parallel-Computation Technique2008

    • Author(s)
      A. Oshiyama
    • Organizer
      lst Int. Cont. of The Urand Challenge to Next-Ueneration Integrated
    • Place of Presentation
      Tokyo
    • Year and Date
      20080603-07
  • [Presentation] 京速計算機を用いた物性第一原理計算とRSDFT超並列計算コードの開発2008

    • Author(s)
      岩田潤一, 押山淳
    • Organizer
      ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学(HPCS2008)
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス
    • Year and Date
      20080117-18
  • [Presentation] タンパク質内環境下における新しいpKaの第一原理計算による提案2008

    • Author(s)
      田中朝紀、神谷克政、重田育照、白石賢二
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-04
  • [Presentation] カーボン系構造変化の第-原理シミュレーション2008

    • Author(s)
      岡田晋
    • Organizer
      第4回励起ナノプロセス研究会(応用物理学会)
    • Place of Presentation
      和歌山大学サテライト
    • Year and Date
      2008-11-22
  • [Presentation] Intrinsic spin polarization of Ga vacancies in GdGaN2008

    • Author(s)
      Y. Gohda
    • Organizer
      11th Asian Workshop on First-Principles Electronic Structure Calculations (ASIAN11)
    • Place of Presentation
      Kaohsiung, TAIWAN
    • Year and Date
      2008-11-03
  • [Presentation] A novel proton transfer through peptide group in protein2008

    • Author(s)
      K. Kamiya, Y. Shigeta, A. Oshiyama
    • Organizer
      Theory and Application in Computational Chemistry
    • Place of Presentation
      Shanghai
    • Year and Date
      2008-09-24
  • [Presentation] 第一原理計算によるSi/Ge膜中の転位の原子・電子構造2008

    • Author(s)
      藤本義隆、岩田潤一、押山淳
    • Organizer
      日本物理学会
    • Place of Presentation
      岩手大学
    • Year and Date
      2008-09-23
  • [Presentation] シリコンとゲルマニウムの四配位新物質2008

    • Author(s)
      藤本義隆、是常隆、三宅隆、斎藤晋、押山淳
    • Organizer
      日本物理学会
    • Place of Presentation
      岩手大学
    • Year and Date
      2008-09-23
  • [Presentation] SiO2上に吸着された半導体ナノチューブの電子構造とエネルギー論2008

    • Author(s)
      岡田晋
    • Organizer
      日本物理学会
    • Place of Presentation
      岩手大学
    • Year and Date
      2008-09-23
  • [Presentation] βカロテン内包ナノチューブの電子構造2008

    • Author(s)
      岡田晋, 柳和宏, 片浦弘道
    • Organizer
      日本物理学会
    • Place of Presentation
      岩手大学
    • Year and Date
      2008-09-23
  • [Presentation] グラフェン引き裂きにおける原子スケール端構造の安定性 : 分子動力学シミュレーション2008

    • Author(s)
      河合孝純, 岡田晋, 宮本良之, 日浦英文
    • Organizer
      日本物理学会
    • Place of Presentation
      岩手大学
    • Year and Date
      2008-09-23
  • [Presentation] 電圧印加による2層グラフェンの再金属化2008

    • Author(s)
      大谷実, 岡田晋
    • Organizer
      日本物理学会
    • Place of Presentation
      岩手大学
    • Year and Date
      2008-09-23
  • [Presentation] ナノキャパシタの電気容量における静電遮蔽の効果2008

    • Author(s)
      勾田和之、押山淳
    • Organizer
      日本物理学会
    • Place of Presentation
      岩手大学
    • Year and Date
      2008-09-23
  • [Presentation] 窒化物半導体における陽イオン空孔による磁性2008

    • Author(s)
      合田義弘、押山淳
    • Organizer
      日本物理学会
    • Place of Presentation
      岩手大学
    • Year and Date
      2008-09-21
  • [Presentation] 数nmサイズSi量子ドットの大規模第一原理計算2008

    • Author(s)
      岩田潤一、白石賢二、押山淳
    • Organizer
      日本物理学会
    • Place of Presentation
      岩手大学
    • Year and Date
      2008-09-21
  • [Presentation] SiO2上に吸着された半導体ナノチューブの電子構造とエネルギー論2008

    • Author(s)
      岡田晋
    • Organizer
      フラーレン・ナノチューブ学会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2008-08-28
  • [Presentation] Screening of Electrostatic Field by Dielectric Carbonanotube2008

    • Author(s)
      K. Uchida and A. Oshiyama
    • Organizer
      1st Int Conf of The Grand Challenge Next-Generation Integrated Na
    • Place of Presentation
      Tokyo
    • Year and Date
      2008-06-04
  • [Presentation] Formation and Stability of Dislocation Cores in Ge/Si(001) Heterostructures2008

    • Author(s)
      Y. Fujimoto and A. Oshiyama
    • Organizer
      1st Int Conf of The Grand Challenge Next-Generation Integrated Na
    • Place of Presentation
      Tokyo
    • Year and Date
      2008-06-04
  • [Presentation] Structural and electronic properties of new crystalline phase of Si and Ge2008

    • Author(s)
      Y. ujimoto, T. Korestune, S. Saito, T. Miyake, and A. Oshiyama
    • Organizer
      International Conference on Quantum Simulatiors and Design
    • Place of Presentation
      Tokyo
    • Year and Date
      2008-06-02
  • [Presentation] Multi-Walled Carbonnanotube Capacitor2008

    • Author(s)
      K. Uchida and A. Oshiyama
    • Organizer
      International Conference on Quantum Simulations and Design
    • Place of Presentation
      Tokyo
    • Year and Date
      2008-06-02
  • [Presentation] Magnetism due to cation vacancies in group III nitrides2008

    • Author(s)
      Y. Gohda and A. Oshiyama
    • Organizer
      International Conference on Quantum Simulations and Design
    • Place of Presentation
      Tokyo
    • Year and Date
      2008-06-02
  • [Presentation] Quantum Effects of Capacitance in Nano-Scale Devices2008

    • Author(s)
      K. Uchida
    • Organizer
      213th ECS (Electro-Chemical Society) Meeting
    • Place of Presentation
      Phoenix
    • Year and Date
      2008-05-18

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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