2008 Fiscal Year Annual Research Report
階層的統計モデルに基づく異種ゲノム情報の統合手法に関する総合研究
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17200020
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| Research Institution | The Institute of Statistical Mathematics |
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Principal Investigator |
樋口 知之 The Institute of Statistical Mathematics, モデリング研究系, 教授 (70202273)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
川崎 能典 統計数理研究所, モデリング研究系, 准教授 (70249910)
吉田 亮 統計数理研究所, モデリング研究系, 助教 (70401263)
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| Keywords | 階層ベイズ / 状態空間モデル / グラフィカルモデル / ベイジアンネットワーク / マイクロアレイデータ / 遺伝子ネットワーク / カルバックライブラーカーネル / スペクトル判別 |
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| Research Abstract |
手法の多面的展開を図る目的で複数のサブテーマに関する研究を本年度も同時進行させた.具体的サブテーマの内容は,[A]非線形回帰モデルの新展開,[B]アレイデータ用のブートストラップ新手法の開発,[C]DNAタイムコースデータの解析,[D]ベイズモデルによるDNAアレイデータ情報と生物学的知識の統合,[E]確率的最適化手法による遺伝子空間の地形探索,[F]グラフ構造探索のハイパーフォーマンスコンピューティング,[G]生物データベースの自動修復を狙ったテーマ、[H]カーネル法と状態空間モデルの統合である。これらの中で、[C],[D]に関係して開発したアルゴリズムをWeb上でサービスあるいは公開(MetaGeneProfiler on the WEB http://metagp.ism.ac.jp/及び,TRANScriptional Module NETwork http://daweb.ism.ac.jp/~yoshidar/software/ssm/)しているが,本年度も引き続きその拡充と整備を行った.また、[H]については、一昨年度依頼着実な研究成果が得られているので、一昨年度購入した機器を用いて身近な環境で取得可能なデータにもとづき,手法の有効性の確認実験をすすめた.その成果を論文として出版できる予定となっている.確率的最適化手法やグラフ探索のアルゴリズムのハイパーフォーマンスコンピューティングが予想以上に急進展したことにより、並列度をあげた計算機環境のもとでアルゴリズムのパーフォーマンスの十分な検討も行った.
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