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2007 Fiscal Year Annual Research Report

酸化還元酵素の立体構造に基づく触媒機構の網羅的解析及び分類法の開発

Research Project

Project/Area Number 17300097
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

長野 希美  National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, 生命情報工学研究センター, 主任研究員 (70357648)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 塚本 弘毅  独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 産総研特別研究員 (90399501)
Keywords酸化還元酵素 / 電子移動反応 / 蛋白質立体構造 / 酵素活性部位
Research Abstract

酸化還元酵素は、電子伝達(Electron transfer)、ヒドリド転移反応(Hydride transfer)、酸素化反応(Oxygenation)、水素化反応(Hydrogenation)など、様々な酸化還元反応を担う酵素である。特に、電子伝達反応を担う酸化還元酵素の場合、シトクロム系蛋白質など、電子伝達蛋白質を基質・産物として、相互作用し、電子伝達反応を担っている。こうした電子伝達蛋白質には、活性中心に電子の授受をする補酵素やアミノ酸残基が存在している。フェレドキシンの場合、鉄硫黄系の補酵素を結合し、フラボドキシンの場合は、FMNのようなフラビン化合物を結合している。チオレドキシンの場合は、2個のシステイン残基が近接しており、酸化状態では、ジスルフィド結合を形成する。ヘムを結合する電子伝達蛋白質としては、所謂、シトクロム系の蛋白質がある。シトクロム系の蛋白質は、現在のように立体構造データが解かれる以前に、結合しているヘム化合物の種類や分光学的な手法で分類がなされており、シトクロムa、シトクロムb、シトクロムcというように、大別されていた。しかしながら、近年、こうした蛋白質の立体構造が解かれると共に、同じシトクロム群の蛋白質でも、様々なスーパーファミリー、フォールドに属しており、ドメイン構成が異なることも分かってきた。そこで、平成19年度では、こうした電子伝達蛋白質を活性中心の種類や立体構造の観点から系統的に解析・分類を行った。更に、電子伝達蛋白質と酸化還元酵素との相互作用の様式についても解析を行った。

  • Research Products

    (7 results)

All 2008 2007 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] 酵素関連データベースの活用-産業応用可能性の高い酵素蛋白質の検索2008

    • Author(s)
      長野 希美
    • Journal Title

      バイオインダストリー(シーエムシー出版) 25

      Pages: 53-61

  • [Journal Article] 酵素触媒機構データベース:EzCatDB-加水分解反応、転移反応機構の系統的な比較について2007

    • Author(s)
      長野 希美
    • Journal Title

      生物物理 47

      Pages: 323-327

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 多様な酵素の形と働き2007

    • Author(s)
      長野 希美
    • Organizer
      第45回日本生物物理学会年会・市民講演会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2007-12-23
    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Presentation] Systematic Analysis of Catalytic MechanismS of Hydrolysis and Thransfer Reactions Classified in the EzCatDB Database2007

    • Author(s)
      Nozomi Nagalo, Zen-ich Nakagawa
    • Organizer
      The 2007 Annual Conference of Japanese Society forBioinformatics(JSBi2007)
    • Place of Presentation
      東京・台場
    • Year and Date
      2007-12-18
  • [Presentation] Aggiregation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantumchemical calculations,fragment molecular orbital calculations,molecular dvnamics simulations,and bindinff free energy calculations2007

    • Author(s)
      Koki Tsukamoto, Hideaki Shimizu, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Nobuyuki Nukina
    • Organizer
      The 2007 Annual Conference of Japanese Society forBioinformatics (JSBi2007)
    • Place of Presentation
      東京・お台場
    • Year and Date
      2007-12-18
  • [Presentation] 酵素触媒機構データベースEzCatDBの活用法-酵素蛋白質と化合物データ2007

    • Author(s)
      長野 希美
    • Organizer
      第280回CBI学会研究講演会
    • Place of Presentation
      東京・駒場
    • Year and Date
      2007-12-05
  • [Remarks]

    • URL

      http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/RLCP/r10/index.html

URL: 

Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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