2006 Fiscal Year Annual Research Report
2重らせんDNAに結合するタンパク質の体系的構造解析のための基盤研究
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17370058
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| Research Institution | Yokohama City University |
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Principal Investigator |
西村 善文 横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 教授 (70107390)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
明石 知子 横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 準教授 (10280728)
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| Keywords | 核酸 / ゲノム / 蛋白質 / 発現制御 / 老化 |
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| Research Abstract |
大腸菌の転写活性化因子PhoBのDNA結合ドメインのフリーの動的構造とDNA複合体の動的構造をNMRを用いて解析した。フリーの時は明らかに見かけ上固い疎水性コアと柔らかい疎水性コアの2種類のコアが存在した。柔らかい疎水性コアはDNAに結合する面とRNAポリメラーゼに結合する面の両方を支えていたが固い疎水性コアはこれらの表面とは全く逆側の裏面にあった。DNAに結合すると柔らかい疎水性コアは固くなったがそれでももともとの固いコアよりは柔らかいままであった。DNAとの複合体でもRNAポリメラーゼとの相互作用部位は柔らかいままであった。
さらに酵母のクロマチンリモデリング因子Chd1の中にタンデムに並んだ2個のクロモドメインのCd1とCd2の立体構造を決定した。ヒトホモログのCHD1では両方のクロモドメインを使用してヒストンH3の4番目のメチル化されたリシンを認識していたが酵母Chd1のクロモドメインの構造はヒトCHD1の構造と異なっていて特にメチル化リシンを認識する部位に大きな構造変化が見つかった。今回の構造解析の結果酵母のChd1はメチル化ヒストンとは相互作用できないことが判明し全く新規な機能を持つクロモドメインであることが判った。
神経特異的な転写抑制因子NRSF/RESTのN末抑制ドメインとmSin3のPAH1ドメインの複合体の構造の解析に引き続きNRSF/RESTのC末抑制ドメインを大量に取得しNMRの測定を行い構造解析に着手した。
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Research Products
(7 results)
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[Journal Article] Top-down analysis of basic proteins by microchip capillary electrophoresis mass spectrometry2006
Author(s)
Akashi, S., Suzuki, K., Arai, A., Yamada, N., Suzuki, E., Hirayama, K., Nakamura, S., Nishimura.Y.
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Journal Title
Rapid Commun Mass Spectrom. 20
Pages: 1932-1938
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