2005 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノムスケールの転写因子結合サイトと遺伝子発現データの統合解析環境の構築
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17710170
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| Research Institution | Saitama Medical University |
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Principal Investigator |
坊農 秀雅 埼玉医科大学, 医学部, 助教授 (20364789)
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| Keywords | ゲノム / バイオインフォマティクス / 遺伝子 / 転写因子 / マイクロアレイ |
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| Research Abstract |
本年度開発を予定していた、公共の遺伝子発現データに公開前のマイクロアレイデータを加えて遺伝子発現類似性検索が出来るウェブアプリケーションに関して、そのプロトタイプの開発を行った。遺伝子発現類似性検索に関しては使用する手法の検討を行い、計算した結果を関係データベースに一時的に取り込むことでより早くなるようにした。が、現状では公開して広く使ってもらうまでには至っていない。その理由は、マイクロアレイデータに複数のデータタイプが存在し、その違いを吸収してデータを扱う手法の検討が必要だったからで、現在公共の遺伝子発現データベースとして標準となりつつある、米国NCBIのGEOで用いられているデータ形式を元にしたデータ入力方法でデータを取り込む方向で開発を継続して進めている。また、当研究室で研究を進めているマイクロアレイデータに関しても現在のところ論文発表されておらず、開発しているシステムのテストセットとしての公開という段階にはまだ至っていない。
既知の転写因子予測結合サイトをゲノム中にマッピングした結果は、オープンソースの精神に基づいて独自に立ち上げ維持しているDASサーバー上で公開している。当初ターゲットとした核内受容体に加えて、よりゲノム中に頻繁にその結合配列の出現するbHLH型転写因子に関しても試験的にデータの提供を始めた。また、このシステムを使いこなすための日本語のマニュアルも作成し、SayaMatcherプロジェクトのウェブページ(http://genome.saitama-med.ac.jp/SayaMatcher/)から自由にダウンロードできるようにしており、多くの人が利用可能となるようにしてある。ただ、興味のある有志に関してはとくにプロジェクトに対する提案事項は現在のところなく、次年度以降に検討すべき課題となっている。
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Research Products
(3 results)
