2019 Fiscal Year Annual Research Report
Metagenome analyses of coprolite and dental calculus for prehistoric specimens from the Japanese Archipelago
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17H03738
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
勝村 啓史 北里大学, 医学部, 准教授 (10649544)
植田 信太郎 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 名誉教授 (20143357)
須田 亙 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 副チームリーダー (20590847)
水野 文月 東邦大学, 医学部, 助教 (50735496)
熊谷 真彦 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度解析センター, 研究員 (80738716)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 糞石 / 歯石 / 縄文時代 / 弥生時代 / ゲノム解析 / 植物性植物 / 農耕牧畜 / 狩猟採取 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
【研究目的】先史時代の日本列島に住んでいた人々は2～3 千年ほど前に劇的な“食”の変化を経験した。すなわち狩猟採集が中心であった縄文時代から大規模農耕が始まった弥生時代にかけての食性の変化である。この変化が先史日本列島に与えた生物学的インパクトは大きかったと予想される。本研究では先史時代遺跡で見つかる糞石や歯石のメタゲノム解析をおこない、“食”の対象となっていた動植物の特定を実現する。
【研究計画実施状況】（１）現代パプアニューギニア人の糞便試料からDNAを抽出し、DNAメタバーコーディング法を適応し、ゲノム解析した結果、人類生態学の野外調査から得られていた情報と整合性のある結果であることが判明した。（２）日本の動物園など飼育下にあるムササビの糞便試料からDNAを抽出し、DNAメタバーコーディング法を適応し、ゲノム解析した結果、与えている飼料とほぼ一致する結果が得られた。（３）これらの結果から、DNAメタバーコーディング法による摂食物同定について、一定の正確性・信頼性があることが明らかになった。（４）江戸時代の古人骨に付着する歯石からDNAを抽出し、DNAメタバーコーディング法を適応し、ゲノム解析することで、当時の食物や生活習慣を個人レベルで明らかにした論文が、国際誌PLoS ONEで出版された。（５）前年度に切断し分析した糞石の破片（粉状の残物）から新たにDNA抽出をおこなった。この抽出には、ムササビ糞便試料からのDNA抽出でより良い結果をもたらしたマッハライ・ナーゲル社のDNA抽出・精製キットをもちいた。その結果、前年度におこなった抽出物からのDNAメタバーコーディング法ゲノム解析よりも、多くのリード数が得られた。この解析結果は、前年度の解析結果と矛盾するものでは無かったが、あらたな植物種のDNA断片が確認された。
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| Research Progress Status |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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