2019 Fiscal Year Annual Research Report
Epigenetics analysis for determination of floral patterns in each cell
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17H03769
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| Research Institution | Kazusa DNA Research Institute |
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Principal Investigator |
平川 英樹 公益財団法人かずさDNA研究所, ゲノム情報解析施設, 施設長 (80372746)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
細川 宗孝 近畿大学, 農学部, 教授 (40301246)
白澤 健太 公益財団法人かずさDNA研究所, 先端研究開発部, 主任研究員 (60527026)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 花の模様形成 / エピジェネティックス / ゲノム解読 / RNA-Seq解析 / small RNA / データベース |
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| Outline of Annual Research Achievements |
前年度、品種‘キラウェア’の半数体についてアセンブルを行い、primaryコンティグとhaplotigsを合わせ4,692本からなるSIO_r1.0（総延長：825 Mb、N50長：958 kb、BUSCO Complete：88.1％）を構築した。今年度、イルミナ社製HiSeqによりペアエンドリードを取得しゲノムサイズを推定した結果、768 Mbとなった。kmer頻度分布に明瞭な２つのピークが見られたため、ゲノムのヘテロ性が高いと考えられた。そこで、FALCON/FALCON-Unzipでアセンブルした結果、2,200本のprimaryコンティグ（総延長：708.7 Mb、N50長：1.26 Mb）と7,658本のhaplotigs（総延長：308.7 Mb）を得た。primaryコンティグのBUSCO Completeは97.3%となり、SIO_r1.0よりも良好であったため、本結果をドラフト配列SIO_r2.0とした。今年度、葉や葉柄、カルスなど19サンプルについてのシングルエンドRNA-Seqと白色およびピンク色の花など6サンプルについてのペアエンドRNA-Seq、Iso-Seqデータを取得した。これまでに取得した白色と青色の個体から得たペアエンドRNA-Seqリードを用いて遺伝子予測を行ったところ143,914個の遺伝子が得られた。既知の遺伝子やドメインデータベースに対して有意な類似性があるものを信頼度が高い遺伝子として抽出した。一方、‘キラウェア’と‘チコ’について10x Genomicsのlinked-readsを得た。それぞれをde novoアセンブルし、ハプロイド単位で網羅性の高いスキャフォールドを構築した。ハプロタイプを考慮した対立遺伝子間の比較や遺伝子発現解析、共発現ネットワーク解析などを行えなかったが、今後、遺伝子を確定した後に実施する。
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| Research Progress Status |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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