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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Elucidation of the complete reaction pathways of the water decomposition reactions in the oxygen-evolving complex of photosystem II

Research Project

Project/Area Number 17H04866
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

庄司 光男  筑波大学, 計算科学研究センター, 助教 (00593550)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
KeywordsMnクラスター / QM/MM / 自由エネルギー / 反応機構 / 反応経路 / コンフォメーション / O-O結合形成 / 水分解反応
Outline of Annual Research Achievements

光合成は太陽光エネルギーを化学エネルギーに変換し、生命の主要なエネルギー源を作り出している。光合成の明反応では光化学系II(PSII)が水分解反応を行なっているが、未だ反応機構の詳細は不明である。本研究では、特に重要な、酸素分子形成過程(O-O結合形成と酸素分子放出過程)について、量子古典混合計算(QM/MM)により分子構造と電子状態レベルでの解明に取り組んだ。
O-O結合形成はラジカルカップリング(RC)機構と酸塩基(AB)機構の2つが主に提唱されてきた。両機構の大きな違いは酸化数とプロトン化状態にある。理論計算からはRC経路が反応障壁的に有利である.RCは P.E.Siegbahnが提唱してきたが、我々は、精密な電子状態解析を行った所、RC経路であっても、非ラジカルで進行することを見出した。我々のCBS機構では、高原子荷Mn(Mn1(V))を利用し、Ca原子がLewis酸として働き、酸素結合生成前の状態を安定化することで、不安定なラジカル状態を生成せずに反応が進行することを理論的に示した。
酸素分子放出過程では、O2分子がMnクラスターから乖離すると同時にCa原子に配位した水分子(W3)がO5原子近傍に協奏的に挿入されることで、低い反応障壁で酸素分子放出とMnクラスターの再構築(O5酸素の形成)がなされることをQM/MM計算から実証した。
2018年、J.Kernらは時分割結晶構造解析から、全ての安定中間体の構造を解明した。その結果、S3状態以降で、W3近傍に水分子が出現することを見出し、W3が基質水分子の候補であると結論した。これは我々の理論計算結果と良く一致する結果である。
PSIIにおける水分解反応は多段階の反応過程であり、詳細を特定することは容易ではないが、理論計算による反応機構の解明が進んだことで、光合成水分解反応の核心に迫る反応機構を解明した。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (14 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 5 results) Book (2 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Strasbourg(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      University of Strasbourg
  • [Journal Article] Reaction Mechanism of N-Cyclopropylglycine Oxidation by Monomeric Sarcosine Oxidase2020

    • Author(s)
      Mitsuo Shoji, Yukihiro Abe, Mauro Boero, Yasuteru Shigeta, Yoshiaki Nishiya
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1039/D0CP01679A

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Elucidation of the entire Kok cycle for photosynthetic water oxidation by the large-scale quantum mechanics/molecular mechanics calculations: Comparison with the experimental results by the recent serial femtosecond crystallography2019

    • Author(s)
      Mitsuo Shoji, Hiroshi Isobe, Jian-Ren Shen, Michihiro Suga, Fusamichi Akita, Koichi Miyagawa, Yasuteru Shigeta, Kizashi Yamaguchi
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 730 Pages: 416-425

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.cplett.2019.06.026

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 光合成水分解反応の反応機構についての理論的探求2019

    • Author(s)
      庄司光男
    • Organizer
      ミニシンポジウム 『生命科学と物質科学の融合による新規エネルギー・物質変換技術の創造をめざして』
    • Invited
  • [Presentation] Water-Splitting Reactions in the Oxygen-Evolving Complex of Photosystem II Revealed by QM/MM calculations2019

    • Author(s)
      Mitsuo Shoji
    • Organizer
      ICOPP2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Spin States and O-O bond formation mechanisms in the Oxygen-Evolving Complex of Photosystem II2019

    • Author(s)
      Mitsuo Shoji
    • Organizer
      AWEST2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光化学系II酸素発生中心における水分解反応機構についての理論解析2019

    • Author(s)
      庄司光男
    • Organizer
      第46回生体分子科学討論会
  • [Presentation] Catalytic Reaction Mechanisms Found by using the GLAS Algorithm2019

    • Author(s)
      Mitsuo Shoji,
    • Organizer
      ICPAC 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光合成酸素発生機構の分子メカニズム2019

    • Author(s)
      庄司光男
    • Organizer
      筑波大プレ戦略研究会「生命から学ぶ」プログラム
  • [Presentation] Reaction mechanism of water splitting in photosystem II revealed by QM/MM calculations2019

    • Author(s)
      Mitsuo Shoji
    • Organizer
      11th symposium on Discovery, Fusion, Creation of New Knowledge by Multidisciplinary Computational Sciences, CCS International Symposium 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Elucidation of the Entire Kok Cycle of the Photosynthetic Water Oxidation Using QM/MM Calculations2019

    • Author(s)
      Mitsuo Shoji
    • Organizer
      3rd International Solar Fuels Conference (ISF-3) and International Conference on Artificial Photosynthesis-2019 (ICARP2019)
    • Int'l Joint Research
  • [Book] フリーソフトで始める分子モデリング2020

    • Author(s)
      庄司光男
    • Total Pages
      70
    • Publisher
      Amazon Kindle direct publishing (電子書籍)
    • ISBN
      ASIN: B087Q6PCDB
  • [Book] Gaussian16で始める量子化学超入門2019

    • Author(s)
      庄司光男
    • Total Pages
      70
    • Publisher
      Amazon Kindle direct publishing (電子書籍)
    • ISBN
      ASIN: B0824KP51T, 2019/11/29
  • [Remarks] 生命物理研究グループホームページ

    • URL

      https://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/index.html

URL: 

Published: 2021-01-27  

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