2019 Fiscal Year Annual Research Report
Genome analysis of Yayoi people; its relevance for the origin of modern Japanese
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17K07588
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| Research Institution | Toho University |
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Principal Investigator |
水野 文月 東邦大学, 医学部, 助教 (50735496)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大橋 順 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (80301141)
熊谷 真彦 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度解析センター, 研究員 (80738716)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 弥生時代 / 古人骨DNA / ミトコンドリアゲノム / 核ゲノム / SNP解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、北部九州・山口西部地域の遺跡から出土した弥生時代人骨を用いて、そのゲノム情報を明らかにし、分子人類学的解析から渡来系弥生時代人の遺伝的背景の解明を目指した。
2018年度は、山口西部の土井ヶ浜遺跡から出土した弥生時代人骨から抽出したＤＮＡをもちいたショットガンシーケンスによって、ヒトゲノムの約３０倍量となるヒト由来DNA塩基配列データを得ることに成功した。次世代シーケンサで得られる個々のリード配列をヒトゲノム参照配列へマッピングしたところ、各染色体に偏りなくマッピングされ、１７０万以上の一塩基多型（ＳＮＰ）が得られた。このＳＮＰ数は、分子系統に関する様々な数理解析に十分量の配列データである。
集団ゲノムデータを扱う本研究課題においては多数個体の分析は不可欠である。上述の分析データは、古人骨から得られたミトコンドリアゲノムならびに核ゲノムデータとしては極めて良好な結果である。しかし、高温多湿に加えて、酸性土壌中に埋まっていた古人骨のＤＮＡは、基本的に保存が極めて悪いと考えるべきである。そこで、2019年度は（１）ミトコンドリアゲノムを集団解析するために実用的なインピュテーション手法を開発した（論文発表済）。適切な参照パネル（配列の集合体）をもちいることで、信頼度の低い塩基や欠失した塩基を９９％以上の精度で推定することが可能である。（２）現代日本人集団と他の東アジア集団とを、主成分分析ならびに階層型クラスター分析で分離するために必要なＳＮＰ数を、実データを用いたシミュレーションによって求めた。その結果、９９％以上の精度が得られる割合は、１０００ＳＮＰ数までは非常に低く、少なくとも３０００ＳＮＰ数以上が望ましいことが明らかとなった（論文査読中）。
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[Journal Article] Whole-genome sequencing of the NARO World Rice Core Collection (WRC) as the basis for diversity and association studies2020
Author(s)
Tanaka N, Shenton M, Kawahara Y, Kumagai M, Sakai H, Kanamori H, Yonemaru J, Fukuoka S, Sugimoto K, Ishimoto M, Wu J, Ebana K.
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Journal Title
Plant Cell Physiol.
Volume: Epub ahead of print
Pages: pii: pcaa019
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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