2020 Fiscal Year Annual Research Report
Development of an efficient short truncated mutant screening system using synchrotron-light irradiation and next-generation sequencing
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17K07605
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| Research Institution | Saga University |
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Principal Investigator |
穴井 豊昭 佐賀大学, 農学部, 教授 (70261774)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
渡邊 啓史 佐賀大学, 農学部, 講師 (40425541)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | ダイズ / 突然変異 / InDel / シンクロトロン光 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、昨年度の研究で検出されたInDelのうち、それぞれの処理区（100Gyフィルターなし、200Gyフィルターなし、100Gy+アルミニウムフィルター、100Gy+銅フィルター）で特異的に観察されたものの一部に対して、多型を検出するためのプライマーセットを設計し、InDelの識別を試みた。前述の4種類の処理区について、変異した配列の長さが100bp程度のInDelをランダムに30個選び、5個体分のゲノミックDNAエオプールしたものを鋳型としてPCRを試みたが、期待される大きさのPCR産物が検出されたのは、僅かに3個のみであり、InDelの検出率は2.5％であった。このため、昨年度行った次世代シークエンスによるInDel変異の検出の精度に問題があり、このステップを改善する必要があることが明らかとなった。また、実際にシンクロトロン光処理で誘発されたInDel変異の頻度は次世代シークエンスの結果から推定されていたものよりさらに低く、以前我々が作成したEMS処理変異集団に生じた一塩基置換変異の1％程度であることが明らかになった。
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