2019 Fiscal Year Research-status Report
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17K07658
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| Research Institution | National Agriculture and Food Research Organization |
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Principal Investigator |
川勝 恭子 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 野菜花き研究部門, 主任研究員 (60581733)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 花弁 / 大きさ / トルコギキョウ / QTL |
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| Outline of Annual Research Achievements |
花弁サイズ決定因子の決定に向けて昨年度取得した多検体のDNAを用いてRAD-Seq解析を行った。リファレンスゲノムにマップされたリードのみを選抜後、多型を示す遺伝子座を抽出し、130個体以上で遺伝子型が判明した約2000座の情報を用いて連鎖解析を行ったところ、最小LODスコア9で36連鎖群からなる連鎖地図が構築された。
次に、今後の遺伝解析に用いるため、参照ゲノムから抽出した繰り返し情報を含む領域を増幅可能なプライマーセットを用いて、花弁サイズの異なる2系統間の多型を探索し同定した。
さらに昨年度に取得した花弁形成時転写産物に関して、リファレンスゲノムにマップしアノテーションを付与した。機能アノテーションにはKOG、swissprot,Araportの各データベースを用いた。花弁形成6ステージ別の花弁と、６部位（葉、苞葉、根、茎、栄養成長期分裂組織、花成誘導期間分裂組織）の転写産物情報を取得し可視化した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
遺伝子アノテーションのステージを細かく設定したため、QTL解析がやや遅れている。
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| Strategy for Future Research Activity |
表現型値および遺伝子型を用いてQTL解析を行う。座乗位置が明らかになった際には、近傍の発現遺伝子を調査する。
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| Causes of Carryover |
転写産物機能アノテーションと時空間発現パターンを詳細に解析したために、当初予定のQTL解析の計画がやや遅れ、使用計画の変更が生じた。次年度は、QTL解析に必要な理化学機器や試薬に使用する予定である。
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