2020 Fiscal Year Research-status Report
Development and Applications of Nonlinear Dimension Reduction with Weak Supervisiors
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17K08235
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
高木 達也 大阪大学, 薬学研究科, 教授 (80144517)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 多様体分析 / 化学空間 / 生物空間 / FMO / PLS |
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| Outline of Annual Research Achievements |
昨年までの研究で、後は学会発表及び論文化を残すのみになっていたのだが、予定されていた国内学会、国際学会が、COVID-19パンデミックにより中止、延期などの措置が行われたり、縮小開催されたりしたために、十分な作業が行えなかったのが実情である。但し、この間、FMO計算によるデータを蓄積する目的で、SARS-CoV-2と抗体医薬との相互作用解析を行った。SARS-CoV-2に関しては、Wildタイプだけでなく、UK型、南アフリカ型、ブラジル型の変異株に関してもFMO計算を行い、IFIEデータを収集することができた。具体的には、点変異をソフトウェア上で行い、側鎖に関しては分子力学計算により構造を最適化、その構造を用いて、抗体医薬との複合体のFMO(Fragment Molecular Orbital)計算を行った。今後、これらのIFIE(Inter Fragment Interaction Energy)データに、PIEDA(Pair Interaction Energy Decomposition Analysis)データも含めて、多様体分析、特にMDS、Isomap(Isometric Mapping)、LLE(Locally Linear Embedding)により解析することにより、化学空間と生物空間のマッピングを行い、当初の予定通り、これらを合同、学会発表(開催されれば)、論文投稿を行う予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
先述のように、COVID-19パンデミックによる学会開催の中止、延期、縮小が大きな理由である。但し、SARS-Cov-2スパイクタンパク質と抗体医薬品（候補化合物）のFMO計算によるデータ収集は進んだ。特にIFIEデータだけでなく、PIEDA（Pair Interaction Energy Decomposition Analysis）の結果も得ることが出来、その結果は学会発表、論文投稿を行った。この面では進展が大きかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
COVID-19パンデミックの収束状況によるが、2021年度はオンライン形式により学会が開催される場合が多く、ここで発表した後、学会におけるディスカッションを考慮して論文化、投稿する予定である。
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| Causes of Carryover |
COVID-19パンデミックにより、多くの国内学会、国際学会が中止、延期、縮小になったため、旅費、学会参加費が余る結果となった。2021年度に学会発表を行い、論文投稿したい。
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| Remarks |
このプロジェクトの為にFMO計算した結果が格納されている。研究代表者は、このデータベースの作成にも貢献している。
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