2019 Fiscal Year Annual Research Report
The investigation of the pathology of infectious recurrent pregnancy loss by microbiota analysis of genital flora by 16S rRNA gene sequencing.
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17K11244
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| Research Institution | Nagoya City University |
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Principal Investigator |
北折 珠央 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 講師 (40444989)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
杉浦 真弓 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 教授 (30264740)
尾崎 康彦 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 教授 (50254280)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 不育症 / 感染 / 流産 / 菌叢解析 / 次世代シークエンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成29年度までに40検体のシークエンスを完了し、平成30年度と令和元年度にかけて120検体のシークエンス、一次解析を完了させた。令和元年度はそのデータを用いて患者群、コントロール群の具体的な解析を行い不育症に特異的な菌や菌叢を特定し治療法の考察を行うことを目標とした。
平成30年度に120検体について共同研究者である北海道大学大学院地球環境科学研究院環境生物化学部門生態遺伝学分野の早川卓志助教のもとで120検体中40検体についてはシークエンスが完了できたが残りの80検体についてはシークエンスがうまくかからず早川助教と相談し、機材の問題の可能性なども考慮し株式会社マクロジェン・ジャパンにシークエンスの外注検査を依頼した。80検体をマクロジェン・ジャパンへと送りクオリティチェックを行ってもらった結果、シークエンスを完了するためサイズセレクションが必要であるとわかりサイズセレクションを行いマクロジェン・ジャパンにてシークエンスを依頼しデータを得ることができた。
シークエンスによって得られたデータを早川助教のもとで一次解析を行った。160検体についてそれぞれ頸管粘液、腟分泌物液の2つサンプルをとっており計320サンプルとデータ量が莫大でありまた検体によって有効シークエンスリード数が非常にばらついているためデータを揃えるのに時間がかかったが320検体中25検体のみを除外することで一次解析データを得ることができた。このデータを用いて具体的に患者群とコントロール群を比較する二次解析を進めていく予定である。現時点では不育症患者群ではコントロール群に対して有意に細菌種数が少ないというデータが得られている。現時点では目標とした菌種の同定や治療法の確立していないが、現在さらに妊娠時、非妊娠時、絨毛膜羊膜炎など感染が疑われる症例などを比較し解析を進め、その結果を含む論文を作成中である。
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