2018 Fiscal Year Research-status Report
Elucidation of Phylogenetic Status and Natural History from Museum Specimen of the Extinct Japanese Otter
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17K15177
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| Research Institution | Tokyo University of Agriculture |
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Principal Investigator |
和久 大介 東京農業大学, 農学部, 助教 (60793578)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 博物館標本 / 分子系統解析 / 保全遺伝学 / 剥製標本 / 系統地理学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成３０年度は、蒐集していたニホンカワウソのDNA解析を行った。サンプルはニホンカワウソの剥製や骨格標本などから可能な限りダメージを与えず、展示の際目立たないようにサンプリングを行った。サンプルとした標本は北海道産・本州産・四国産のもので、複数個体を解析した。解析は次世代シーケンサーを用いて行い、リードデータを得た。リードデータを解析したところ、複数個体から母系遺伝するミトコンドリアDNA全長配列を決定できた。これにより、当初想定していた最低限の目標は達成することができた。現在は得られた配列に基づき予備的な系統解析を行っている。また、本研究課題の大きな目標である、本州と四国間の繁殖有無の検証にも挑戦している。本州と四国の集団は先行研究で日本固有種と分類されていたが、一つの繁殖集団を形成していた証拠はなかった。本研究でミトコンドリアDNA配列が決定できている試料のうち、複数個体は状態が良いため、核DNAの情報を得られる可能性があり、父系情報も含めた解析が期待される。
その一方で、予想していなかった問題も起きた。北海道産とされていた標本を解析したところ、予想しない結果を示したため、北海道産の試料をさらに蒐集する必要が出てきた。北海道産の剥製や骨格標本は非常に少なく貴重なため慎重に選定し、解析を行う予定である。
また、これらの研究で得られた成果は、平成２９年に発見された長崎県対馬市のカワウソを理解し、保全方策を確立するために活用すべく、関係各所と連携して取り組んでいく。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初予定していた試料は一度ずつ解析を終了し、複数個体からミトコンドリアDNA全長配列を得られた。このことから当初想定していた最低限の目標を達成した。今後は追加の解析にとりかかり、かつ、核DNAの配列情報を得られるか研究協力者とともに取り組んでいく。
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| Strategy for Future Research Activity |
ユーラシアカワウソのドラフトゲノムを作成し、作られたドラフトゲノムを参照配列としてニホンカワウソのゲノム配列決定に挑戦する予定である。この手法が成功すれば、少なくとも本州と四国間の繁殖有無が明らかに出来ると期待している。平成３０年度までの成果と、次年度の成果を論文として投稿予定である。
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| Causes of Carryover |
当初予定していた費用がかさむ解析が次年度に持ち越したためである。ニホンカワウソの核DNA配列を決定するために行う、HiSeqやNovaSeqといったプラットフォームでの解析を外注で行っており、まだ解析が完了しておらず費用を執行できていない。しかし、この解析も次年度中に確実に終了するため使用する。
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[Presentation] Discovery of the Eurasian otter Lutra lutra in Japan2019
Author(s)
Sasaki, H., Sekiguchi, T., Izawa, M., Nakanishi N., Waku, D., Yamane, A.
Organizer
14th International Otter Congress
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