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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Elucidation of the mechanism of amyloid fibrillation using Rheo-NMR and development of a new Rheo-NMR instrument

Research Project

Project/Area Number 17K19196
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

菅瀬 謙治  京都大学, 工学研究科, 准教授 (00300822)

Project Period (FY) 2017-06-30 – 2020-03-31
KeywordsRheo-NMR / タンパク質 / アミロイド線維
Outline of Annual Research Achievements

Rheo-NMR装置の開発を継続した。Rheo-NMRとは剪断流を発生しながらNMR測定ができる装置のことである。剪断流によりタンパク質がアミロイド線維化するため、Rheo-NMRを用いるとまさにアミロイド線維化している最中のタンパク質の状態や構造をリアルタイムかつ原子レベルで解析できる。
開発に取り組んだRheo-NMRでは、5mmφのNMR管に3mmφのガラス棒を挿入し、NMR管だけを回転することによって剪断流を発生させる。NMR管に挿入するガラス棒は、NMR磁石のサンプル導入口の内部にちょうど収まる外径の樹脂性棒に接続し、その位置を固定している。ここにおいて、本来はガラス棒がNMR管の中心に位置しないといけないのだが、それが中々達成できなかった。詳細な調査の結果、NMR磁石のサンプル導入口が真円でなく、若干歪んでいることが分かった。そのためRheo-NMR装置をNMR磁石に導入する向きを常に一定にし、そのときにだけ正確に中心が揃うように調節した。また、MRイメージングのテクニックを使うことによって、NMR管内の水のイメージングを行い、この3次元イメージからガラス棒がNMR管の中心に位置しているかどうかを実測できるプロトコルを確立した。
さらに、ガラス棒の底部とNMR管の底部の隙間を大きいと磁場の均一性が乱れてNMRシグナルが広幅化することが分かった。そこで、この隙間の調整を容易にできるようにRheo-NMR装置の丈夫にダイアル式のネジを設置した。これによって隙間を最小限にすることが容易にできる。また、上記のイメージングを用いるとこの隙間を視覚化することができる。
このような開発を進め、Rheo-NMR装置を完成させた。この装置については特許を出願した。

  • Research Products

    (9 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results) Remarks (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Institute of Polymer Research(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Institute of Polymer Research
  • [Journal Article] Visualizing protein motion in Couette flow by all-atom molecular dynamics.2020

    • Author(s)
      Walinda, E., Morimoto, D., Shirakawa, M., Scheler, U. and Sugase, K.
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta Gen. Subj.

      Volume: 1864 Pages: 129383

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.06.006

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 生体分子レオロジーNMRの開発と応用2019

    • Author(s)
      森本 大智、菅瀬 謙治
    • Journal Title

      日本核磁気共鳴学会機関誌

      Volume: 10 Pages: 64-68

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 高感度Rheo-NMRによるアミロイド線維化過程のその場観察2019

    • Author(s)
      森本 大智、菅瀬 謙治
    • Journal Title

      月刊「細胞」

      Volume: 51 Pages: 32-36

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] In situ Monitoring of Amyloid Fibril Formation Processes Using Rheo-NMR2019

    • Author(s)
      Kenji Sugase, Daichi Morimoto, Walinda Erik, Naoto Iwakawa, Akihiko Yamamoto, Ulrich Scheler
    • Organizer
      8th APNMR
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Amyloid formation of poly-ubiquitin chains investigated by biological rheo-NMR spectroscopy2019

    • Author(s)
      Daichi Morimoto
    • Organizer
      21st EUROMAR
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] Research Highlights

    • URL

      http://www.moleng.kyoto-u.ac.jp/~moleng_01/research.html

  • [Remarks] Publications

    • URL

      http://www.moleng.kyoto-u.ac.jp/~moleng_01/publications.html

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 剪断流を発生させる器具2019

    • Inventor(s)
      菅瀬謙治、森本大智、保科好秀
    • Industrial Property Rights Holder
      菅瀬謙治、森本大智、保科好秀
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2019-111013

URL: 

Published: 2021-01-27  

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