Creating reference genomes of lactic acid bacteria and Bifidobacteria

2020 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 17K19248
• Research Category: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: Agricultural chemistry and related fields
• Research Institution: National Institute of Genetics
• Principal Investigator: Arita Masanori 国立遺伝学研究所, 情報研究系, 教授 (10356389)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 川島 武士 国立遺伝学研究所, 情報研究系, 助教 (10378531)
• Project Period (FY): 2017-06-30 – 2021-03-31
• Keywords: バイオインフォマティクス / 比較ゲノム / 微生物

Outline of Final Research Achievements

By comparing publicly available genomes of Helicobacter pylori, we identified geographical region-specific or universally shared genomic rearrangements. We also identified a reference strain in terms of the ordering of core genes.
Through the survey of glyco-enzymes within publicly available genomes of Bifidobacterium species, we identified the relationship between the dietary habits and contents of host animals and the metabolic capability of polysaccharides.

Free Research Field

バイオインフォマティクス

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

公共データベースには多種多様な微生物のゲノムが公開されており、同じ種であっても含まれる遺伝子の内訳が菌株毎に数百も異なりうる。そのように類似したゲノムが数百以上あたえられた際、それらを効率よく比較して共通する機能や特徴を見出す作業は「種とはなにか」「なぜ種にわかれるのか」を考える上で重要である。その具体例として、ゲノム構造を比較したり糖代謝能を比較する方法論を見出し、実データに応用した。