2017 Fiscal Year Research-status Report
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17K19280
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
平瀬 祥太朗 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (90635559)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
關野 正志 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, グループ長 (90371799)
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| Project Period (FY) |
2017-06-30 – 2020-03-31
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| Keywords | アワビ / 種分化 / 全ゲノム解析 / 集団ゲノミクス解析 / 日本列島 / 次世代シーケンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
日本列島のアワビ類の中で、エゾアワビ、クロアワビ、マダカアワビは非常に近縁であるが、独自の表現型を有している。これらの種間の進化的関係、種分化に関与するゲノム基盤は、漁獲量の減少が続くアワビ資源の管理、増養殖を行うにあたっての重要な情報となる。本研究は、ゲノムワイドに抽出した数千規模の一塩基多型（SNP）マーカーを用いた集団ゲノミクス解析と、野外の交雑集団のゲノム解析によって、アワビ類の進化的関係の解明と種分化に関与するゲノム基盤を探索することを目的としている。
本年度は、これらのアワビ類におけるSNPマーカーの取得を試みた。当初は、RAD-Seqなどリファレンスゲノムを必要としないシーケンス手法でSNPマーカーを取得することを計画していたが、2017年にエゾアワビのリファレンスゲノムが公開されたため、全ゲノムリシーケンスによる解析に切り替えた。日本列島の複数の地点で採集したエゾアワビ8個体、クロアワビ8個体、エゾアワビ－クロアワビ分布境界域の4個体、マダカアワビ6個体、近縁種のメガイアワビ6個体の全ゲノムリシーケンスを行なった。その結果、約500万サイトのSNPマーカーを取得することができた。また、遺伝子アノテーションの結果と合わせることで、遺伝子内SNPマーカーも取得することができた。ランダムに抽出した50万SNPマーカーを用いてクラスタリング解析を行なったところ、それぞれの種は異なるクラスターに振り分けられた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
2017年にエゾアワビのリファレンスゲノムが公開され、全ゲノム解析を行うための環境が整ったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
Sliding window解析によってゲノムワイドな遺伝的分化のパターンを調査し、種間で分化が大きくなっているゲノム領域（Genomic islands）を探索する。そして、遺伝子との関連などを調査することで種分化に関与している可能性の高いゲノム領域を絞り込んでいく。また、近年に注目されているコピー数多型など、ゲノムの構造変異が種分化に関与している可能性についても検証する。コストの問題から、全ゲノムリシーケンスを多個体に適用することはできないため、コストパフォーマンスの高いシーケンス法（RAD-Seqやアンプリコンシーケンスなど）によって、各アワビ類の多個体を用いた集団ゲノミクス解析も行っていく。
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| Causes of Carryover |
2017年にリファレンスゲノムが公開され、SNPの取得方法をRAD-Seqやアンプリコンシーケンスではなく、全ゲノムリシーケンス解析に切り替えたため。来年度に計画している多個体を用いた次世代シーケンシングで使用する。
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Research Products
(1 results)
