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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Direct observation of strain-dependent dynamic behaviors of biomolecules by high-speed AFM

Research Project

Project/Area Number 17K19345
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

古寺 哲幸  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 教授 (30584635)

Project Period (FY) 2017-06-30 – 2020-03-31
Keywords一分子イメージング / 高速AFM / 生体分子 / 細胞骨格 / アクチンフィラメント / 生物物理学 / 原子間力顕微鏡 / タンパク質
Outline of Annual Research Achievements

タンパク質や核酸といった生体分子の多くは、それらに内外から働く張力や圧縮力といった力学的な負荷によって、機能発現や反応速度が変調されていることが知られてきている。高速AFMで観察中の生体分子に力学的負荷を加えられれば、その変調のメカニズムを詳細に理解できることが期待される。そこで、生体分子に外力を与えながらAFM観察ができるように、新規高速AFM用スキャナーシステムの開発に取り組んでいる。従来のイメージング用スキャナーと独立で動作するマニピュレーション(外部操作)用スキャナーを追加し、そのスキャナーに取り付けられたキャピラリープローブを用いて観察対象に外力を与える仕組である。昨年度までに概ね当初計画していた通りの性能を実現することができ、生体分子を高速AFM観察しながら、30 nm程度に先鋭化したキャピラリープローブで外力を加えれられるようになっていた。今年度は、開発した装置の性能を実証する試験と、装置を応用してバイオ応用研究に取り組んだ。前者では、マニピュレーターの位置制御の制度を見積もり、1nm程度でマニピュレーターの位置を制御できることが明らかになった。このことは、開発したシステムが、大きめのタンパク質であれば分子内のあるドメインを狙って分子に外力を加えられる性能を持つことを意味する。また、後者のバイオ応用研究では、AFM観察基板に並べたアクチン線維をマニピュレーターで押すことで、アクチン線維の2重らせん構造のらせん周期が外力の印加により10%程度変化することを見出した。このことは、生体分子の形状を観察しながら、その形状や機能の外力応答を調べられる装置が実現したことを意味する。

  • Research Products

    (23 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 2 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 5 results) Book (1 results) Remarks (3 results) Patent(Industrial Property Rights) (3 results)

  • [Int'l Joint Research] IISER Thiruvananthapuram(インド)

    • Country Name
      INDIA
    • Counterpart Institution
      IISER Thiruvananthapuram
  • [Journal Article] Molecular and Functional Analysis of Pore-Forming Toxin Monalysin From Entomopathogenic Bacterium Pseudomonas entomophila2020

    • Author(s)
      Nonaka Saori、Salim Emil、Kamiya Koki、Hori Aki、Nainu Firzan、Asri Rangga Meidianto、Masyita Ayu、Nishiuchi Takumi、Takeuchi Shoji、Kodera Noriyuki、Kuraishi Takayuki
    • Journal Title

      Frontiers in Immunology

      Volume: 11 Pages: -

    • DOI

      https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00520

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Direct visualization of avian influenza H5N1 hemagglutinin precursor and its conformational change by high-speed atomic force microscopy2020

    • Author(s)
      Lim Kee Siang、Mohamed Mahmoud Shaaban、Wang Hanbo、Hartono、Hazawa Masaharu、Kobayashi Akiko、Voon Dominic Chih-Cheng、Kodera Noriyuki、Ando Toshio、Wong Richard W.
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      Volume: 1864 Pages: 129313~129313

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2019.02.015

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamics of oligomer and amyloid fibril formation by yeast prion Sup35 observed by high-speed atomic force microscopy2020

    • Author(s)
      Konno Hiroki、Watanabe-Nakayama Takahiro、Uchihashi Takayuki、Okuda Momoko、Zhu Liwen、Kodera Noriyuki、Kikuchi Yousuke、Ando Toshio、Taguchi Hideki
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 117 Pages: 7831~7836

    • DOI

      https://doi.org/10.1073/pnas.1916452117

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Diversity of physical properties of bacterial extracellular membrane vesicles revealed through atomic force microscopy phase imaging2020

    • Author(s)
      Kikuchi Yousuke、Obana Nozomu、Toyofuku Masanori、Kodera Noriyuki、Soma Takamitsu、Ando Toshio、Fukumori Yoshihiro、Nomura Nobuhiko、Taoka Azuma
    • Journal Title

      Nanoscale

      Volume: 12 Pages: 7950~7959

    • DOI

      https://doi.org/10.1039/c9nr10850e

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Insights into the Substrate Specificity Switch Mechanism of the Type III Protein Export Apparatus2019

    • Author(s)
      Inoue Yumi、Ogawa Yuya、Kinoshita Miki、Terahara Naoya、Shimada Masafumi、Kodera Noriyuki、Ando Toshio、Namba Keiichi、Kitao Akio、Imada Katsumi、Minamino Tohru
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 27 Pages: 965~976.e6

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.str.2019.03.017

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development of high-speed ion conductance microscopy2019

    • Author(s)
      Watanabe Shinji、Kitazawa Satoko、Sun Linhao、Kodera Noriyuki、Ando Toshio
    • Journal Title

      Review of Scientific Instruments

      Volume: 90 Pages: 123704~123704

    • DOI

      https://doi.org/10.1063/1.5118360

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Visualizing dynamic actin cross‐linking processes driven by the actin‐binding protein anillin2019

    • Author(s)
      Matsuda Kyohei、Sugawa Mitsuhiro、Yamagishi Masahiko、Kodera Noriyuki、Yajima Junichiro
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 594 Pages: 1237~1247

    • DOI

      https://doi.org/10.1002/1873-3468.13720

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 高速AFMが捕らえた!Mycoplasma mobileの滑走装置2019

    • Author(s)
      小林昂平、古寺哲幸、田原悠平、 豊永拓真、笠井大司、安藤敏夫、宮田真人
    • Journal Title

      顕微鏡

      Volume: 54 Pages: 67~71

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Recent developments in high-speed AFM2019

    • Author(s)
      Noriyuki Kodera
    • Organizer
      Joint UBI-NanoLSI workshop-Trends in molecular biophysics of living cells-
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 細胞表面動態の高精度計測を目指した高速原子間力顕微鏡装置の開発2019

    • Author(s)
      清水将裕, 岡本千優, 今井大達, 渡辺信嗣, 安藤敏夫, 古寺哲幸
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] Video imaging of bio-molecule in action by high-speed atomic force microscopy2019

    • Author(s)
      Noriyuki Kodera
    • Organizer
      3rd NanoLSI Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 高速AFMによる生体分子のビデオイメージング2019

    • Author(s)
      古寺哲幸
    • Organizer
      第15回小動物インビボイメージング研究会
    • Invited
  • [Presentation] ゲノム安定性維持における天然変性タンパク質 CAMP の動的制御2019

    • Author(s)
      池田真教 、成田知恕、清水将裕、古寺哲幸、田中耕三
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 高速AFM(原子間力顕微鏡)による生体分子のナノ動態のビデオ観察2019

    • Author(s)
      古寺哲幸
    • Organizer
      2019年度科学基礎論学会講演会
    • Invited
  • [Presentation] 高速AFMによる活きた生体分子のビデオ観察2019

    • Author(s)
      古寺哲幸
    • Organizer
      第43回日本頭頸部癌学会
    • Invited
  • [Book] イメージング時代の構造生命科学2020

    • Author(s)
      田中 啓二、若槻 壮市
    • Total Pages
      248
    • Publisher
      羊土社
    • ISBN
      9784758103855
  • [Remarks] 金沢大学生物物理学研究室

    • URL

      http://biophys.w3.kanazawa-u.ac.jp/index_J.htm

  • [Remarks] ナノ生命科学研究所 古寺哲幸 研究紹介

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/research/researchers/noriyuki-kodera/

  • [Remarks] ナノ生命科学研究所 古寺哲幸 Researcher’s Voice #3

    • URL

      https://www.kanazawa-u.ac.jp/research/re-voice/rv3

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 走査型プローブ顕微鏡およびZ駆動装置2019

    • Inventor(s)
      古寺哲幸, 清水将裕, 安藤敏夫
    • Industrial Property Rights Holder
      古寺哲幸, 清水将裕, 安藤敏夫
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2019-120245
  • [Patent(Industrial Property Rights)] マニピュレータ機能付き原子間力顕微鏡2019

    • Inventor(s)
      古寺哲幸, 高野純, 他4名
    • Industrial Property Rights Holder
      古寺哲幸, 高野純, 他4名
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2019-149584
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 電気生理学的解析を可能にした原子間力顕微鏡2019

    • Inventor(s)
      古寺哲幸, 米川拓臣, 執行航希, 渡邉信嗣, 安藤敏夫
    • Industrial Property Rights Holder
      古寺哲幸, 米川拓臣, 執行航希, 渡邉信嗣, 安藤敏夫
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2019-153689

URL: 

Published: 2021-01-27  

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