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2008 Fiscal Year Annual Research Report

溶液内素過程の化学反応ダイナミックス

Research Project

Project/Area Number 18066008
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

加藤 重樹  Kyoto University, 大学院・理学研究科, 教授 (20113425)

Keywords化学反応 / ダイナミックス / 溶液 / 励起状態 / 酵素反応
Research Abstract

平成20年度は、前年度に引き続き溶液、タンパク質内での化学反応とダイナミックスについての研究を行った。新しい課題として、ミオグロビン中での一酸化炭素分子の拡散過程の経路と自由エネルギー面の研究について纏め、論文として公表した。この研究を行うに際して、meta dynamics法による新しい自由エネルギー面の構築法の開発を行った。また、代表的な有機金属化合物であるGrignard試薬のエチルエーテル溶媒中での化学平衡とアセトンとの化学反応の機構について本研究課題で開発を行ったRISM-MP2法により研究を行った。結果、Grignard試薬の2量体について従来考えられてきた環状構造ではなく、線形の構造が安定であることを見いだし、この線形2量体が化学反応においても本質的な役割を果たすことを見いだした。本研究課題で提案している他の取り組み、例えば、MS-CASPT2法による円錐交差点の最適化法の開発などは順調に進んでいる。

  • Research Products

    (4 results)

All 2009 2008

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] Grignard reagents in solution : Theoretical study of the equilibria and the reaction with a carbonyl compound in diethyl ether solvent2009

    • Author(s)
      Mori,T. and Kato,S
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry A 113

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A search for ligand diffusion pathway in myoglobin using a metadynamics simulation.2008

    • Author(s)
      Nishihara, Y., Hayashi, S., and Kato, S.
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters 461

      Pages: 220-225

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A noncentrosymmetric crystal structure of a zwitterionic compound, pyridinium pyridinium 5,7-dihydro-5,7-dioxo-6H-cycloPenta[b]pyridin-6-ylide, realized by weak hydrogen bonds2008

    • Author(s)
      Tsutsumi, J. , Sasamori, T. Yoshida, H. , Tokitoh, N. Sato, N., Kato, S., Muzikante, I and Neilands, 0.
    • Journal Title

      Journal of Molecular Sructure 920

      Pages: 52-60

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Free Energy Surfaces and Dynamics of Chemical Reactions in Solution and Biological Systems2009

    • Author(s)
      Shigeki Kato
    • Organizer
      Thery, and Applications of Computational Chemistry 2008
    • Place of Presentation
      中国・上海
    • Year and Date
      2009-09-29

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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