2008 Fiscal Year Annual Research Report
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18201038
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| Research Institution | Nara Institute of Science and Technology |
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Principal Investigator |
森 浩禎 Nara Institute of Science and Technology, バイオサイエンス研究科, 教授 (90182203)
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| Keywords | システム生物学 / 遺伝的ネットワーク / リソース / 接合 / Hfr / バーコード / GFP融合遺伝子 / 欠失株 |
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| Research Abstract |
1)2重欠失株構築方法の確立とシステマティックな解析方法の確立
既に開発済みの一遺伝子欠失株ライブラリーに加え、新規にCm耐性、分子バーコードを持たせた一遺伝子欠失株ライブラリーの開発を終えた。この2種類のライブラリーの欠失を、接合を用いて2重欠失株を作製する系の開発を行った。接合の為に、宿主株をHfr株にするために、接合に必須な断片を持ったプラスミドを構築、その断片を宿主染色体に組込む事で、効率的にHfr株にする系の開発を終えた。この系を利用し、プレートあたり、1536株という高密度で接合を行い、high throughputに2重欠失株を作製する自動システムを、Biomek FXという自動分注ロボット装置を改良して構築を行った。
2)コロニーサイズによる定量的な遺伝的ネットワーク解析方法の確立
上記(1)の解析システムから生成される、プレートあたり1536株のコロニーを、その大きさを自動的に定量する系の開発を行った。現在は、透過光による自動スキャンの系を開発し、経時的に測定可能な装置を開発し、定量を行っている。
3)GFP融合株ライブラリーの完成と融合株による細胞内動態の定量解析及び細胞内局在性の解析方法の確立解糖系、TCA回路、ペントースリン酸回路など、中心代謝系に関与する遺伝子群のGFP融合株の作製を行い、蛍光顕微鏡による局在性解析及びフローサイトメーターによる定量解析を可能にし、解析を進めている。
4)上記1,2,3の解析結果を合わせた相関解析方法の確立
上記の解析を総合的に活用し、すでに2009年度にNature Methodに公開している。
5)4より得られた解析結果を元に、分子バーコードを利用した表現型parallel assay方法の確立
(1)で開発を行った分子バーコードを持つ欠失株の混合培養液中の、各遺伝子欠失株のpopulationの変動を、新世代シーケンサーによるバーコード領域の配列解析による頻度分布により解析可能にした。
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Research Products
(22 results)
