2006 Fiscal Year Annual Research Report
ノンコーディングRNA病原体"ウイロイド"の自律複製能と病原性発現の分子機構
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18380028
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| Research Institution | Hirosaki University |
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Principal Investigator |
佐野 輝男 弘前大学, 農学生命科学部, 教授 (30142699)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
千田 峰生 弘前大学, 農学生命科学部, 助教授 (30261457)
種田 晃人 弘前大学, 理工学部, 助手 (70332492)
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| Keywords | ウイロイド / RNAサイレンシング / siRNA / CHS / RNA2次構造予測 / Cofolgaアルゴリズム |
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| Research Abstract |
(A)ウイロイド感染により宿主植物に誘導されるRNAサイレンシングと病原性の関係
"ウイロイド感染植物では発病に伴いCHS発現量が特異的に低下する。CHS転写量が低下したPSTVd感染トマトのPSTVd特異的siRNAとCHS特異的siRNAの生成量を分析した。その結果、多量のPSTVd特異的siRNAが蓄積するにもかかわらずCHS特異的siRNA蓄積量の増加は全く確認されなかった。即ち、PSTVdを標的とするRNAサイレンシングがCHS転写物を直接転写後分解することでその転写量を低下させている可能性は否定された。
PSTVd特異的siRNAの経時的蓄積パターンの詳細な分析を行ない、感染時期に依存した特微的な蓄積パターンを明らかにした。即ちウイロイドが宿主細胞に侵入後、細胞質を経由して核で増殖し、再び細胞質を経由して隣接細胞に侵入するまでの間に、核あるいは細胞質に存在する複数のDICERにより切断されている可能性が示唆された。現在、PSTVd特異的siRNAのシークエンス解析を進めている。
(B)自律複製能を生み出す分子構造のバイオインフォマティクス解析と実験的検証
RNA配列用高精度マルチプルアライメントWebシステムの開発
2本のRNAに共通な2次構造とペアワイズアライメントを同時に得ることができるCofolgaで、複製能を持つウイロイド変異体と持たない変異体の2次構造予測を行い、両分子間で構造上の変化を伴う可能性のある領域を特定した。
また、新規な変異を有するADFVdを分離・同定し、Cofolgaで2次構造予測を試みた。その結果、mfoldでは、従来報告されたADFVdと新規変異体では異なる2次構造が予側されたのに対して、Cofolgaでは両変異体ともほぼ類似の2次構造を予測することができた。
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Research Products
(5 results)
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[Journal Article] Construction of a multiprobe for the simultaneous detection of viroids infecting citrus trees2006
Author(s)
Cohen, O., Batuman, O., Stanbekova, G., Sano, T., Mawassi, M., Bar-Joseph, M
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Journal Title
Virus Genes 33
Pages: 287-292
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[Journal Article] First Report of Hop stunt viroid in Apricot in China2006
Author(s)
Yang, Y.A., Wang, H.Q., Guo, R., Cheng, Z., M.Li, S, Sano, T.
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Journal Title
Plant Disease 90
Pages: 828
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