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2008 Fiscal Year Final Research Report

Estimation of Large Phylogeny Using Maximum Composite Likelihood

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 18570217
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Evolutionary biology
Research InstitutionTokyo Metropolitan University

Principal Investigator

TAMURA Koichiro  Tokyo Metropolitan University, 大学院・理工学研究科, 教授 (00254144)

Project Period (FY) 2006 – 2008
Keywords複合尤度 / 最尤法 / 系統解析 / 分子系統樹 / 分子進化 / 進化距離 / 近隣結合法
Research Abstract

分子系統樹の推定は生命科学の様々な分野で利用される基本的な操作であるが、その方法は理論的側面に長ける最尤法と計算効率に長ける近隣結合法に二分される。そこで、新たに開発した最大複合尤度法を利用し、両者の優れた点を合わせることを試みた。効果はコンピュータ・シミュレーションによって評価した。その結果、最大複合尤度法の適用により、近隣結合法、最尤法のいずれにおいても推定精度、計算時間の改良に成功した

  • Research Products

    (8 results)

All 2008 2007 2006 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (4 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] MEGA : A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences2008

    • Author(s)
      Kumar S, Nei M, Dudley J, Tamura K.
    • Journal Title

      Brief Bioinform 9

      Pages: 299-306

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] MEGA4 : Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) Software Version 4.02007

    • Author(s)
      Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S.
    • Journal Title

      Mol. Biol. Evol 24

      Pages: 1596-1599

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] MEGA4 による分子系統解析2008

    • Author(s)
      田村浩一郎
    • Organizer
      日本進化学会第10 回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-08-24
  • [Presentation] 巨大系統樹推定のための最尤法の適用2008

    • Author(s)
      田村浩一郎
    • Organizer
      日本進化学会第10 回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-08-22
  • [Presentation] Application of Maximum Likelihood Methods for Large Phylogeny2008

    • Author(s)
      Koichiro Tamura
    • Organizer
      The international symposium " New Insight of Genome Evolution into Fundamental Activities of Life "
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-03-28
  • [Presentation] Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.02006

    • Author(s)
      Tamura K.
    • Organizer
      Annual Meeting for the Society for Molecular Biology and Evolution
    • Place of Presentation
      Arizona
    • Year and Date
      2006-06-01
  • [Remarks]

    • URL

      http://evolgen.biol.metro-u.ac.jp/MEGA/

  • [Remarks]

    • URL

      http://www.megasoftware.net/

URL: 

Published: 2010-06-10   Modified: 2016-04-21  

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