2007 Fiscal Year Annual Research Report
変異体スクリーニングのためのシロイヌナズナ野生型3次元標準形状モデルの作成
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18700296
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
神沼 英里 The Institute of Physical and Chemical Research, オミックス情報統合化研究チーム, 研究員 (90314559)
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| Keywords | シロイヌナズナ / μX線CT / 3次元形状計測 / 標準形状モデル / time-lapse images / digital in situ hybridization / Luciferase reporter / bioluminescence |
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| Research Abstract |
モデル植物であるシロイヌナズナを3次元形状計測し、コンピュータ上で3次元形状モデルを再構築し、形状モデルベースで表現型の解析や変異体スクリーニングを行う手法の確立を目指している。これまでレーザレンジファインダやマイクロフォーカスX線CTを用いてシロイヌナズナの精密形状計測を行い、個体形状の3次元モデル化を行ってきた。しかしレーザやX線CTでは、遺伝子発現情報を形状と同時に計測する事が出来ない。別の計測装置(2次元画像計測が一般的)で遺伝子発現情報を収集し、遺伝子発現値(2次元値)から発現値と位置の各々の情報を抽出し、3次元形状モデルとの位置を合わせて発現値をマッピングすれば、デジタルwhole mount in situ hybridization (digital WISH)を実現することができる。本年度はデジタルWISH実現に向けた第一歩として、遺伝子発現情報と位置情報め定量抽出実験を試みた。具体的にはVIMカメラを装備したPhoton Counting画像計測システム(ARGUS-50)を使い、理研PSCで開発されたシロイヌナズナのLuciferase Tag(LucTag)ラインを用いて2次元発光発現の時系列画像データを収集した。LucTagラインの数は1000系統を超える為に、既知データを使って計測日の10日目付近で高発現を示す系統をランキングした。上位系統で試験撮影をした所、シュート頂分裂組織、本葉と子葉での発現量差や、根冠分裂組織や側根形成部といった位置での発光を、デジタル画像として収集する事が出来た。このデジタル画像を元に、発光発現量を定量的に抽出する方法について研究発表を行った。
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